1、数据产出统计及质量评估 2、对有效reads进行基因覆盖度分析 3、将有效reads与参考基因组比对,统计reads在基因组不同区域(exon、intron、UTR、intergenic等区域)的分布 4、预测链特异性转录本 5、转录本常规注释(Nt、Nr、COG、Swissprot、KEGG、Interpro&GO)及Rfam数据库ncRNA注释 6、通过RPKM(reads per kilobase of exon per million mapped sequence reads)进行转录本定量和丰度分布统计分析 7、差异基因表达分析(不少于两个样品):差异基因筛选、聚类分析、基因注释、GO和pathway显著性富集 8、互补性分析:cis-NAT