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分子对接:
1.小分子与蛋白的分子对接
分子对接技术即基于结构的药物设计主要采用的手段,该技术就是将配体分子置于受体分子活性位点的位置,然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏,并找到两个分子之间zei佳的结合模式。分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效果,能比较好地避免其他方法中容易出现的局部作用较好而整体结合欠佳的情况。在药物设计中,分子对接方法主要用来从小分子数据库中搜寻与受体生物大分子有较好亲和力的小分子,并进行药理测试,从而从中发现新的先导化合物。
2.蛋白分子对接
蛋白对接是一种预测蛋白质相互识别以及相互作用的工具,我们可以使用Protein-DOCK来实现蛋白质的对接计算。Protein-DOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。算法中快速傅里叶转化相关性技术被用来所搜蛋白-蛋白系统的平动和转动空间。RDOCK是一种基于CHARMm的能量优化过程,它被用来优化Protein-DOCK所寻找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型,并使用能量打分函数给这些结合构型打分。
分子对接一般分为以下步骤:
服务特色:
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