华盈生物基于Agilent G3平台zei新设计的大鼠表达谱芯片,除了涵盖约30,000条Entrez Gene RNAs外,更涵盖了约10,000条lncRNA,lncRNA数据来源于航天医学基础与应用国家重点实验室的大鼠lncRNA测序数据,及 Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding lncRNA (UCR)、lncRNAdb、lncRNA等多个权威公共数据库。
2. Affymetrix lncRNA芯片
芯片具体信息介绍:
Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0
GeneChip® Human Transcriptome 2.0 (HTA2.0)为Affymetrixzei新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过六百万条不同探针,覆盖编码和非编码转录本。该芯片上70%的探针覆盖编码转录本的外显子,其余30%的探针覆盖外显子之间的剪接位点和非编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db和Broad Institutee, Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog等多个权威公共数据库。
Affymetrix GeneChip® Mouse Transcriptome Array 1.0
GeneChip® Mouse Transcriptome 1.0 (MTA1.0)为Affymetrixzei新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过五百万条不同探针,覆盖编码和非编码转录本。该芯片设计的探针覆盖超过114,000个蛋白编码转录本和超过101,000个非蛋白编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db、MGI和Intergenic noncoding RNA from Luo, et al (doi:10.1371/journal.pone.0070835)等多个权威公共数据库。