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转录组研究是理解生命过程必不可少的工具之一。然而由于第二代测序平台的诸多限制,其拼接出的转录本通常并不完整,且进行expression analysis时普遍存在偏差性。
目前zei新的PacBio RS II平台的平均读长已达到5-8kb,其长度大大超过一般转录组中典型基因的长度(如1-3kb),因此,如果将PacBio平台应用于RNA-seq,大部分转录本可以直接测通为全长的转录本。
我们利用第三代测序平台PacBio RS II,可以直接得到从5’端到3’端的高质量全长转录本信息。同时结合第二代测序低价格、海量数据、高准确率读长等优点,从而高性价比地得到基因的全长isoforms序列,同时使得isoforms定量更加可信,大大缩短后续的应用分析时间。
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