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简介
MeDIP-seq:利用MeDIP技术富集甲基化的DNA片段,再利用大规模测序技术测序。研究者可以较小的数据量,快速高通量地发现靶基因组上的甲基化区域。应用领域:DNA甲基化研究; 比较不同细胞、组织、疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异;DMRs(甲基化差异区域)的研究。
应用领域
样本间DNA甲基化修饰差异分析
大样本量疾病研究
比较不同细胞、组织、疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异;
DMRs(甲基化差异区域)的研究。
分析内容
1. 标准信息分析
对测序结果进行base calling、raw data 数据整理及数据质量评估
2. 高级信息分析
a)MeDIP-seq序列与参考序列的对比
b)MeDIP-seq序列数据在全基因的分布趋势
c)统计MeDIP-seq序列富集区域(peak)的信息
d)基于Peak的多样品间差异分析
e)可结合客户的需求,协商确定个性化信息分析内容 样品要求 样品需求量:总量≥5μg,浓度≥50ng/μL; 样品完整性:DNA无明显降解,需提供凝胶电泳检测胶图
项目周期
完成时间:单个样品标准流程(上图)的运转周期约为50个工作日。遇样品数较多时,项目周期根据项目规模而定。 完成标准:产生不少于合同的clean data
MeDIP测序,
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