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简介
微生物Meta测序 16S rDNA序列(在所用物种中高度保守)是zei常用的细菌分类标准,通过提取环境样品的DNA,并扩增其中16S rDNA基因;通过检测16S rDNA 的序列变异和丰度,反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S rDNA 有9个高变区,V6区可以用来鉴定绝大多数细菌,基于Illumina HiSeq 2000平台的16S rDNA测序可以将V6区正反向读通,提供环境样本物种分类,物种丰度,种群结构,系统进化,群落比较等诸多信息,在微生物分类鉴定,微生态研究方等面起到重要作用。
应用领域
环境微生物分类、丰度分析 环境微生物群体基因集构建
分析内容
1. 标准信息分析 去除低质量,污染,引物序列,将PE reads拼接成Tag 等。
2. 高级信息分析
a)对unique tags 聚OTU,并进行物种注释
b)单样品复杂度的Alpha diversity分析
c)物种(或OTU)丰度分析 注:可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析服务内容。
样品要求
样品类型:PCR扩增产物;
样品需求量:小片段文库,≥ 4 μg(浓度≥30 ng/μl;纯度OD260/280=1.8~2.0);
总样品量需根据实验策略,如建库类型及建库数量而定;
项目周期
根据不同样品数和送样时间不同周期不同。V6 区样品,45个工作周日 注:分批送样时间延长,样本量大时间有延长几个工作日。 完成标准:对每个样品,产生不低于合同规定的Clean tags数量和Clean data数据量。
微生物Meta测序,
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