自动化液质联用工作流程：采用 AssayMAP 技术进行溶液内蛋白酶 解、肽段纯化以及肽段的强阳离子交换分馏

样品：

大肠杆菌蛋白裂解液

项目：

肽段鉴定

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液质联用鉴定肽段的样品制备，通常由多步骤工作流程组成，包括溶液内蛋白 酶解、肽段纯化，以及肽段分馏。该过程通常需要根据样品特性及分析目的 （即定量或表征）定制为具体的应用方法。样品制备工作流程的自动化可提高样 品处理能力、降低差异性，并且无需熟练操作人员执行重复工作。然而，自动 化平台通常并不用于最初的分析开发，这是因为分析开发者很少具有开发复杂 自动化方案的经验。相反，分析通常是采用湿式工作台相关技术进行开发，然 后在自动化专家的帮助下移植到自动化平台。 采用 AssayMAP 肽段样品制备解决方案，无需掌握专门的技术也能实现自动化 操作。开发者可通过一个简单的软件用户界面和灵活的实验方案对关键实验变 量进行完全控制，从而能够专注于科学分析研究。如今，分析开发者、科学 家或技术员无需具备自动化专业知识也能实现可扩展、精确的自动化操作。采 用 AssayMAP 平台，整个工作流程可直接在相同的硬件上进行开发，如需实现 高通量样品前处理，也易于对硬件进行扩展，从而可减少或避免已有实验方案 实现自动化所需的额外时间和资源。本文将介绍发现（鸟枪法）蛋白组学研究 的一种常规液质联用工作流程，包括溶液内酶解、反相肽段纯化，以及肽段的 强阳离子交换分馏 (SCX)，所有这些操作均由 AssayMap Bravo 液体处理器完成。 采用 SCX 小柱通过增加 pH 或离子强度对大肠杆菌蛋白裂解液进行逐步洗脱，在 六个 SCX 馏分中鉴定出 15000 多条特定肽段序列，其中 64-67% 的肽段可专属性 地在其中一个馏分中得到鉴定。

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