微卫星分析 ssr多态性分析 片段分析

微卫星分析

服务编号

服务项目

内容说明

价格

周期

STR01

STR引物开发

开发未知基因组序列物种的引物

询价

周

STR02

STR引物筛选

筛选适合荧光检测的引物

询价

2-4周

STR03

引物设计与合成

荧光标记引物

询价

1周

STR04

PCR条件优化

单重和多重PCR

询价

1-2周

STR05

PCR扩增

荧光或非荧光

询价

1-4周

STR06

测序仪检测

用测序仪对单色或多色荧光标记DNA片段进行分离和检测

询价

2-7工作日

STR07

原始数据分析

将原始数据分析为基因型

询价

1工作日- 2周

STR08

群体遗传学分析

关联分析、连锁图构建等

询价

1-2周

STR09

AFLP检测

检测和数据分析

询价

2-5工作日

背景介绍：

微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。瑞金特利用ABI测序仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，结果也更加精确。

服务项目：

1.     STR引物开发

通过富集微卫星序列，开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列，并且对序列进行多态性和特异性验证。

2.     引物筛选

选取部分代表性样本，利用普通引物进行PCR扩增，然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息（图1）。

图1 用岛津MultiNA芯片电泳仪进行引物筛选的结果

3.     样本批量扩增

用带有荧光标记（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR扩增平台，可以满足大量样本扩增需求。

4.     测序仪检测

带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合，用3730xl等测序仪进行毛细管电泳，并得到原始数据（fsa文件，见图2）。

图2 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱

5.     原始数据分析

编制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件，并生成PDF图谱和Excel文档（包括size、基因分型等信息），分析后的电泳图谱见图3。

图3 GeneMapper软件分析后的电泳图谱

6.     群体遗传学分析

利用生物信息学软件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）对上述数据进行进一步分析，绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

送样要求：

细胞（≥106）、组织（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因组DNA（体积≥20μl，浓度≥ 50 ng/μl）；引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。

提供结果：

引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。

成功案例：

到目前为止，我公司与上百家科研机构建立合作，进行过多个物种的引物开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。

相关技术服务

服务编号

服务项目

内容说明

EXT01

DNA提取

从组织材料或血液等样本材料中提取基因组DNA，可应用液体工作站进行批量处理

相关产品

名称

品牌

规格

说明

微卫星文库构建试剂盒

5次

磁珠法，速度快，成功率高

多重PCR复合扩增体系

100/500次

专用于多重PCR的复合扩增体系，可实现10重以上扩增

血液直接扩增体系

100/500次

具有极强的抵抗抑制剂能力，直接从血液中扩增基因片段而且特异性优秀

植物叶片直接扩增体系

100/500次

直接从叶片中扩增DNA，省时省力

Blood PCR Mix A

500/1000 rnx

直接从血液中扩增基因片段

Blood PCR Mix B

500/1000 rnx

热启动Taq酶

250/500/1000U，2.5U/μl

化学修饰，热启动，特异性极好，性价比很高

2G Fast DNA聚合酶

100/250/500U

经过基因工程改造，快速PCR，30分钟完成扩增；抵抗抑制剂能力超强

2G Fast DNA聚合酶（热启动）

100/250/500U

2G Robust DNA聚合酶

100/250/500U

经过基因工程改造，极强的抗复杂模板能力，适合高GC含量

2G Robust DNA聚合酶（热启动）

100/250/500U

高保真DNA聚合酶

100/250/500U

高度保真性，抵抗抑制剂

高保真DNA聚合酶（热启动）

100/250/500U

基因组DNA提取试剂盒

50/100次

离心柱型，纯度更高

DNA快速提取试剂

50/100/250/500次

20分钟完成提取，操作简便

ROX 500分子量内标

500/1000次

70-500bp

LIZ 500分子量内标

500/1000次

35-500bp

POP4胶

7ml

3130/3100系列测序仪用

POP7胶

28ml

3730系列测序仪用

310毛细管

47cm，5根

基因分型用

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途