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T细胞受体(TCR)测序/免疫组库测序

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参考报价: 面议 型号: T细胞受体(TCR)测序/免疫组库测序
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AI问答
可以做哪些实验,检测什么? 可以用哪些耗材和试剂?

简介

T细胞受体库测序(T cell receptor repertoire sequencing,TCR-Seq)是以生物信息学(Bioinformatics)全面高速分析高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子,即T细胞受体(T cell receptor,TCR)多样性的检测技术,用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答(T cell-mediated immune response)状态改变。
T细胞介导的细胞免疫应答过程中,抗原呈递细胞(antigen-presenting cell,APC)摄取抗原(Ag)、消化形成抗原-MHC分子复合物,并呈递给T细胞。T细胞通过自身T细胞受体β链中V-D-J基因重排后的CDR3β参与抗原识别。

TCR的基因由可变区(V)、多变区(D)、结合区(J)和恒定区(C)四部分基因片段组成,形成互补决定区(complementarities determining region, CDR)和间隔的4个骨架区(framework region, FR),基因结构如下图所示。在T细胞发育过程中CDR1、2和FR区域相对保守,CDR3区由V、D和J 进行重排而形成具有功能的TCR编码基因(T细胞克隆),由于V(65~100种)、D(2种)、J(13种)基因片段本身具有多样性,此外,由于在重排的过程中,在VD及D-J的连接区经常有非模板的核苷酸的随机插入或删除,进一步增加了CDR3区的多样性。这种基因片段连接的不准确性使TCR的表达呈多样性,以识别各种不同的抗原。
         

TCR-seq常用于评价各种免疫相关疾病和遗传性突变引起的某个物种所有T细胞或特定T细胞激活介导的细胞免疫反应中TCR基因重排碱基序列,以及各序列的丰度,用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系,从而揭示更深层次的T细胞功能特异性,继而解释免疫应答机制、免疫耐受原因,免疫调节形式等相关生命现象。
    TCR-seq的应用方向:
   (1)肿瘤免疫治疗后的监测和治疗指导;
   (2)抗感染免疫治疗效果和耐受性评估;
   (3)移植排斥反应中急性排斥反应的预测和干预指导;
   (4)自身免疫疾病的临床试验和科学研究;
   (5)感染性和神经可塑性疾病的生物标志物。
 

绝对定量免疫组库测序是分析TCR的有力手段

检测TCR的RNA序列。与DNA分析相比,可以更为全面和准确地获得某一状态下TCR的多样性信息。

基于5’RACE的方法。5’RACE相较于MPCR测序方法,可以检测到更多的V-J pairing的多样性,同时具有更低的偏好性和较高的准确性。

5’RACE法与UID技术相结合,通过UID标签去除PCR扩增重复、排除PCR偏好性影响,准确分析TCR克隆的丰度。

引入校准机制,准确分析TCR的多样性。TCR的高度多样性使得其对测序数据错误极为敏感,PCR和测序错误都可能被误认为序列的突变或重排,因此必须加入校准机制。UID技术可纠正PCR和测序错误,锁定真实序列。

使用PE250测序,完整覆盖TCR全长。CDR1和CDR2对MHC的亲和力起到重要作用,同时检测CDR1/2/3对研究TCR具有重要意义。


康测技术优势

康测科技专利RNA(靶向)建库技术,缩短建库时间的同时提高建库效率;

自主创新的UID技术帮助实现TCR表达量的绝对定量;

提供从样本处理、TCR扩增、建库测序到数据分析的一站式完善服务。


                  建库方法                                                技术流程




分析结果展示


 

武汉康测科技有限公司是由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底,团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际顶级期刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念,与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。

公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组(KC-DigitalRNA)、免疫组库(KC-IRQuant)、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测(KC-SMP)等4项建库技术,并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。成为中国首家UID(UMI)绝对定量高通量测序服务平台,为广大科研工作者提供转录组(mRNA、lncRNA)/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。

作为国内核酸-蛋白互作研究服务的领跑者,公司已完成1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、羊、鸡、斑马鱼等)、植物(水稻、拟南芥、小麦、二穗短柄草、马铃薯、番茄、苹果等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌等)近50余种物种的CHIP-seq和RIP-seq,其中组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%,RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。
 


T细胞受体(TCR)测序/免疫组库测序信息由武汉康测科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于T细胞受体(TCR)测序/免疫组库测序报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。

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