科学家发现与结肠癌有关的40个新基因突变

全基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）是指在全基因组层面上，开展多中心、大样本、反复验证的基因与疾病的关联研究，是通过对大规模的群体DNA样本进行全基因组高密度遗传标记（如SNP或CNV等）分型，从而寻找与复杂疾病相关的遗传因素的研究方法，全面揭示疾病发生、发展与治疗相关的遗传基因。

最近发表在Nature Genetics上的最全面的全基因组关联研究（GWAS）结果发现了40种新的与结肠癌风险增加有关的遗传变异。

这项研究由Fred Hutchinson癌症研究中心的一个研究小组领导，该研究同时确定了第一种罕见的散发性结直肠癌保种。这些发现对于创建个性化筛查策略和更好地为结直肠癌的药物开发提供了重要的信息。

研究结果也阐明了研究作者在药物开发中所谓的“错失机会”。作者认为，使用GWAS结果为癌症药物开发提供信息可以提高药物开发成功率，甚至可以为高风险人群提供化学预防药物。

（Wikipedia/CC BY-SA 3.0）

“使用GWAS结果为抗癌药物的靶点发现提供了很大的潜力。对于2型糖尿病和心脏病等疾病，GWAS方法推动了新生物学和潜在药物靶点的发现，”该研究的作者，Jeroen Huyghe博士解释说：“迄今为止，对癌症治疗新目标的研究主要集中在癌症细胞的分子特征上。我们认为使用GWAS方法为结直肠癌的药物开发提供了一个巨大的机会。”

Huyghe解释说：“大规模的全基因组测序研究已经发现了数百种尚未系统检查与疾病相关的遗传变异。我们的研究充分利用了Haplotype Reference Consortium面板的可用性，该面板是来自超过32,000个个体的序列数据的群体参考面板。通过将该策略与定制设计的基因分型芯片相结合，我们能够稳健地识别罕见的变异关联信号以及涉及低频变种的多个附加信号。“

之前针对结直肠癌风险的GWAS仅考察了常见的遗传变异。相比之下，这项研究涉及超过2,000个人的全基因组测序，旨在检查罕见遗传变异对结直肠癌风险的贡献。

“通过这项研究，我们已经将已知数量的结直肠癌风险变种扩展到了近100个，”该研究的共同第一作者，Fred Hutchinson的遗传流行病学家Tabitha Harrison说。 “接下来，我们将把研究人群扩大到包括来自不同种族背景的人，这将使我们更全面地了解整个人类的风险。”

对于全基因组关联研究（GWAS）来说，需要检测的基因位点数量巨大，传统的PCR检测方法由于通量小，耗时太长；二代测序技术虽然通量高、速度快，但是成本非常昂贵；相比之下，以MALDI-TOF MS为基础的核酸质谱检测方法则具有高通量、高性价比、高重现性的优势，非常适用于GWAS。

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（本文编辑、整理自生物谷）