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新年漫谈长晶体

发布时间: 2021-03-12 17:44:40 来源:布鲁克X射线部门


牛年许下的第一个愿望是希望大家的晶体都能长的“牛牛”的,顺顺利利发文章,我也少死点脑细胞。
 敲敲指令,转转鼠标,不经意间,时间就这么从指间溜走。工作久了,忙忙碌碌为生活奔波,越发怀念在学校里学习的日子。我的研究生生涯,基本上都在做克隆,纯化,长晶体,像农民一样每天在种下希望,然而却收获无几。那个时代,点晶器人还没有大范围的应用。对于大部分的晶体条件的摸索,只能手动的去筛选成百上千的条件,然后祈祷运气爆发,晶体长的又大又好。

然而...也就没有然后了。

▲图1 晶体民工之泪
 

即便是在现在,虽然越来越多的经验和方法总结出来,但大多数时候,蛋白晶体的生长仍然不可捉摸,美其名曰“艺术”。尤其对于当年那个“科研小白”的我们,三板斧抡完就不知所措了。仍记得导师恨铁不成钢,对我们像“农民”的贴切描述。苦笑的我们,确实被所谓的“艺术”折磨的开始迷信玄学,想尽一切办法去增加“运气”的概率,甚至有人总结出了凌晨长晶体的成功率高,穿红色的衣服,必须用自家的猫胡须(相关文章参见https://www.antpedia.com/news/30/n-2006930.html),以及给晶体听听音乐的想法...

▲图2 猫胡须 
 
除了课题,那个时候还没有那么多人生问题需要去思考。我那时的想法是能不能有个标签“Tag”带着目标蛋白,轻松的把晶体长出来,或者有个设计好的方格,把蛋白一个个的排列整齐地放进去,把我们这些晶体民工们从绝望中解脱出来。然而十几年过去了,结晶很多时候仍然是概率事件。当然对于牛人来说,紧密地逻辑思维和尝试可增加这种概率。但目前看来,最有可能解脱长晶体的不是结晶方法,反而是冷冻电镜和DeepMind。

相对于蛋白晶体,小分子晶体的生长大多没有那么困难,而且很多可以通过理论设计。(晶体生长方法总结参见https://mp.weixin.qq.com/s/tLZRDBREsOINMRzxyRiUtw)。小分子晶体的大多困难在于如何获得更高质量的晶体,让数据能够满足解析结构和应对审稿人的“苛刻要求”。当然其中也不乏让化学,药物专业的同学们崩溃的化合物。殚精竭虑,夜以继日培养出来的却是油状物,无定形玻璃状物质,以及粉晶和沉淀。好在小分子经得起折腾,很多人在努力的去开发结晶生长的方法,比如号称“无需长单晶”晶体海绵法,凝华,简单粗暴的搅拌,“抹点”硅油,用上以往只做蛋白晶体的机器人,种晶,以及加伴侣共晶等等。


前些年读到晶体海绵的时候,不由的眼前一亮,这不就是学生时代的愿景么,发展下去是否可以适用于蛋白?然而细细读来,觉得未免还早。晶体海绵目前的成功率依旧很低,撇开复杂的技术操作流程,单单如何让小分子恰好在某个MOF的空格里整整齐齐的站好队,就已非常不容易达成,又何尝是蛋白。


手性是药物行业关注的重点。始工作的时候,涉足药物行业,做了很多小分子化合物和蛋白共晶的结构。除了探讨化合物和蛋白之间的相互作用,还需要分析清楚小分子的手性。后续开始进行小分子晶体结构研究的时候才了解到,大部分小分子结构的手性需要通过单晶衍射,利用反常散射才能确定出来。而困难在于很多原料药,天然产物很难获得晶体。共晶是药物制剂的研发热点,而这个方法本身也在确定药物分子的手性中很有用处。比如利用已知手性的分子A和未知分子B的共晶,可以大大降低对晶体数据质量的要求。同样利用蛋白小分子复合物的结构确定小分子的手性也是一个道理。有参照物在,就不用从头通过微弱的反常散射信号来确定。而在结晶生长发面,很多蛋白被用作辅助晶体生长的伴侣,比如一些抗体的Fab,Fc片段,T4 Lysozyme等。


而在化学领域,去年德国斯图加特大学的Clemens Richert教授课题组在Angew. Chem. 上提出了一种新策略—使用“金刚烷结晶伴侣”来解决小分子的结晶难题,作为通用的结晶伴侣,用于分子的手性结构测定。这项研究中一共测试了52种小分子化合物。形成衍射能力的共晶的成功率高达88%,77%的客体分子至少得到一个高分辨率晶体结构。虽然大部分测试的都是分子量较小的分子,但是这些油状的分子在数分钟内,如此高效的通过分子伴侣形成高质量的晶体,而且能够测定出绝对构型还是非常令人兴奋。
我们德国的同事也同样和Clemens Richert教授课题组合作制作了Chaperone的试剂盒,利用第三代D8 VENTURE,高强度的光源配备PHOTON III光子计数探测器,我们可以在很短的时间内获得非常准确的Flack参数。
图3 利用 Stuttgart- Chaperone试剂盒快速长出共晶,在第三代D8 VENTURE上测定绝对构型
 
除了长晶体,共晶的方法还可以分离手性化合物。利用手性的”分子伴侣”可以将单一手性分子,从消旋的混合物中分离出来。这和生物体对手性分子的识别过程如出一辙。

▲图4 利用共晶分离手性分子:(Chiral resolutionand deracemizationthrough co-crystallization Tom Leyssens2019)
 
所以办法总是比困难多,相信总有一天我们不再被养晶体所苦恼。最后还是祝愿大家的晶体都能长的顺顺利利,多点快乐,少点烦恼。
 
参考文献:
1,Accelerate3D Structure Determination of Organics, Bruker, 2020
2,Angew. Chem.Int. Ed. 2020, 59, 15875–15879
3,  长个晶体,一定要用自家猫胡须?当科学家迷信起来,果壳网,2018




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