技能分享 | 代谢组发文原始数据怎么上传？戳这里

MetaboLights是欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)第一个用于跨平台和跨物种代谢组学研究的通用、开放存取的数据库。MetaboLights是许多期刊的推荐代谢组学资料库。下面来分享一下代谢组学原始数据在MetaboLights

（https://www.ebi.ac.uk/metabolights/）的上传方法。

01 MetaboLights账号申请

02 提示注册成功，去邮箱激活账号

03 登录。点击右上角“Login in”,进入登陆界面，输入账号密码登陆

04 创建文件，点击submit study

05 点create online

06 点create new study

07 Let’s get started

08 点 yes后再点绿色的next

09 study文件创建成功，点next

10 来到第二步上传文件，这里有2种上传方式，第一种更方便，点击Aspera Upload

11 弹出下面界面，先安装插件，点install plugin,根据提示安装IBM数据上传的插件，安装成功之后才可以进行上传

12 开始上传，点击upload files

13 弹出上传数据的选项框，同时选择要上传的数据

14 用IBM插件上传数据，如下所示，中途最小化插件界面并点击close不会中断传输，之后拉到页面最下方，点击绿色的next

15 填写study description信息，包含关键词、title、summary等，根据实际情况选择是否有manuscript

16 进入上面流程图中的最后一步：填写sample & assay details，下面的题目、作者、摘要、publication以及descriptors中的关键词和factors（如剂量）等根据实际情况填写

此网页下方的以下7项内容请根据实际情况填写：

17 方法包括样本收集、提取、色谱方法、质谱方法、数据转换、代谢物鉴定方法，请根据实际情况填写，示例如下：

18 填写sample里的内容，根据实际情况增加样本，填写样本名称、物种、样本类型等信息，示例如下。如果有factor（如性别、剂量等）也可以根据实际情况点击factor增加列数

19 进入assay填写界面，根据实际情况选择下面不同的选项，选完之后点击下方绿色按钮。注意：如果是POS和NEG模式都采集了请分别先选positive建立一个assay，再选择negative建立一个assay，也就是说有2个assay，色谱方法根据实际情况选择HILIC或者反向柱如C18

Assay创建成功后，拖动最下方进度条可以查看需要填写的内容，根据实际情况填写仪器类型、仪器型号、数据采集极性、scan range（在我司做的非靶代谢一般是60-1000 Da）、样本对应原始数据、对应derived数据等信息。

20 进入Metabolites填写，可以点击upload上传可自动识别的txt（EXCEL打开进行编写）文件File:m_MTBLS2788_LC-MS___metabolite_profiling-1_v2_maf.tsv进行批量填写，这个文件可在这个网页上下载下来然后填写关键信息：metabolites identification 即代谢物名称、mass to charge即m/z、retention time (RT)、Modification即adduct形式、各个样本对应的代谢物的定量值信息。也可以点击“compound search”一个一个进行添加但是相对麻烦。此步骤有疑问可以观看本文最下面的视频链接进观看，填写示例如下：

21 最后一步study validations，不能有红色的Errors报错信息，如果有报错请根据提示回到对应位置进行填写，之后点击refresh刷新（有时会有几十秒的延迟）。

22 确认无误后，根据自己项目是否完成选择”Submitted”或者“In Curation”，之后点击“OK”

23 点击绿色的时间按钮，选择数据释放的时间

24 回到主界面点击用户名，之后点击“My Studies”可以查看之前上传的数据

25 在“Validation“后显示绿色的对号时，说明数据上传成功了。

官方教学视频链接

https://www.ebi.ac.uk/metabolights/help

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