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PeakTrace/LongTrace DNA数据分析服务

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AI问答
可以做哪些实验,检测什么? 可以用哪些耗材和试剂?

良好的兼容性

PeakTrace/Lontrace DNA序列分析系统适用于ABI 377310370037303730xl31003130系统

 

 

操作方便

   直接将KB Basecaller分析的trace(扩展名为abi ab1的文件)导入PeakTrace/Lontrace DNA序列分析系统,经过短时间处理,系统将自动生成与处理前的trace同名的文件,并存入预先指定的文件夹中(注意:不要将处理结果与KB Basecaller分析的trace存入同一个文件夹)。

 

 

更高的读长,更少的错误

     PeakTrace/Lontrace DNA序列分析系统从ABI KB Basecaller分析的trace中提取出原始数据,通过一系列zei新算法从头处理,能显著提高测序读长,减少错误,提高通量。  

 

 

 

comparison of PeakTrace basecalling with ABI KB basecalling

, ABI KB Basecaller 和PeakTrace分析结果的比较

 

 

 

longtrace read at base 1300

ABI KB Basecaller 和LongTrace分析结果的比较

A: KB Basecaller分析结果

B: LongTrace分析结果分析结果

 

 

 

 

常见问题

 

1. 很多数据读长超过800bp之后,分辨率比较低,经过  PeakTrace/Lontrace 重新分析后,能将读长增加10-200bp,使读长甚至超过1000bp,显著提高分辨率,那么增加的读长部分,比如800100bp的部分,从分析后的峰图上看起来很准确,实际上这些数据可信吗?

 

   经过PeakTrace/Lontrace重新分析的数据,增加的读长部分的碱基序列是可信的,可信度都是用Qscore来评价,可以在系统中进行设置,默认条件下是20,即进行basecalling的错误概率低于1%;如果要求更高,可以设置成为30,则进行basecalling的错误概率低于0.1

   通过实验也能进行验证,比如用序列拼接或者对DNA片断进行反向测序,用实验数据和系统重新处理的结果进行比较即可。目前,该系统已在国内外很多知名的实验室使用。  

 

 

2. PeakTrace和LonTrace 有什么区别?

 

  PeakTrace和LonTrace都是提取原始数据重新进行数据处理, 区别在于PeakTrace进行 basecalling的方法是采用公司自主开发的新算法;而LonTrace是仍然采用KB Basecaller进行basecalling。所以,从处理之后的结果来看,PeakTrace处理之后的峰图的形状变化更大,优点是分辨率改善更明显。 ,,,

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注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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