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全基因组重测序(Resequencing)是对基因组序列已知物种进行不同个体间的基因组测序,并在此基础上对个体或群体水平进行差异性分析。通过全基因组重测序,可以全面的挖掘基因序列差异和结构变异,应用范围涉及群体遗传学研究、关联分析、进化分析、临床医药研究等众多领域。
随着测序成本的大幅度降低以及测序效率的数量级提升,全基因组重测序已经成为研究动植物分子育种及人类疾病zei为快速有效的方法之一。
技术路线:
结果案例:
T-DNA插入位点检测
数据分析:
1、基本数据分析:数据产出统计、参考序列比对
2、SNP检测与统计
3、InDel检测与统计
4、结构变异(SV)分析
5、 拷贝数变异(CNV)分析
参考文献:
1、Jia G, et al. A haplotype map of genomic variations and genome-wide association studies of agronomic traits in foxtail millet (Setaria italica) .Nature Genet. 2013; 45: 957-961.
2、Huajun Zheng,et al. The genome of the hydatid tapeworm Echinococcus granulosus Nature Genetics 45,1168–1175 (2013)
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