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RSAM-16 可变聚腺苷酸化(APA)分析

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RSAM-16 可变聚腺苷酸化(APA)分析

 

本项目是对可变聚腺苷酸化(APA-Alternative polyadenylation)现象进行深度解析。

APA模式分析包括:

  • (1) 对转录组3UTR分析进行测序,鉴定统计3UTR区域覆盖度;长度分布,以及3UTR上下游结构序列
  • (2) APA模式分析:鉴定4种APA类型
    • Tandem 3 untranslated region (UTR) APA,
    • alternative terminal exon APA;
    • intronic APA
    • internal exon APA;
  • (3) APA偏好性分析:近端与远端ploy(A)位点在样本中的偏好性;统计APA类型对应的频度
  • (4) APA模式差异分析:比较样本之间的APA差异模式;
  • (5) APA模式与表达量差异的关系;
  • (6) PAS分析;
  • (7) APA位点Motif分析;分析APA上下游Motif结构;
  • (8) APA保守型分析:对APA位点进行跨物种比较基因组学分析。

 

 

 
 

 
 



更多详情:http://www.biogenius.cn/htm/products/transcriptome/rnaseq/analysis/316.html


 

 

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