RNA结合蛋白富集测序 RIP-Seq/CLIP-Seq服务

 RNA结合蛋白富集测序 RIP-Seq/CLIP-Seq服务 

CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

RIP-Seq（RNA Immunoprecipitation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用，但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物，RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同（如复合物不需要固定，RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶，抗体需经RIP实验验证等等）。 
 

主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。依据处理环节的稍微差别，CLIP-Seq目前有不同变体形式，例如 PAR-CLIP和HIT-CLIP。 
 

我们的优势 
 

测范围广：全基因组范围的RNA蛋白结合位点鉴定分析；

高性价比：基于抗体富集目标区域，有效降低测序数据量；

提供从实验设计，样品制备，测序，数据挖掘，到科学问题解析的整体方案 提供给客户专业的结题报告：

将结合相关领域的现有研究成果，解析相关功能作用或分子机制我们的优势

测序服务流程 
 

研究内容 
 

1.原始数据处理:过滤掉低质量的reads，去除barcode和adapter序列，去除PCR duplication reads，得到clean reads。

2.基因组和转录组比对

将clean reads比对到基因组，将不能比到基因组的reads比到转录组，筛选出唯一比上的reads

3.显著结合峰的识别与鉴定

将重叠的reads聚类，鉴定识别结合峰，将一定范围内的结合峰聚成簇(cluster) 
 

4.结合峰特征分析:统计结合峰的在基因组的各区域的分布、长度分布、间距分布、结合位点的区域富集特征等。 
 

5.所结合的靶基因功能聚类:对有显著结合峰的基因进行功能聚类，分析此RNA结合蛋白所调控的生物学通路。

6.zei小结合基序分析:分析结合序列的共有基序(motif)，分析结合序列的碱基类型分布 
 

一、样本要求

样品类型：RNA样品

RNA片段大小：分布在100~500 bp范围，且主带明显。请提供RNA打断后的检测胶图以确定RNA片段大小是否符合要求，并请附加一份详细的样品信息单并提供ChIP后的q-PCR验证结果

二、测序策略  50 SE

三、推荐数据量 20M或40M clean reads

四、项目执行周期

25个以下的免疫沉淀后的RNA样品，标准流程（仅包括标准信息分析）的运转周期约为30个工作日

12个以下的细胞系样品，标准流程（仅包括标准信息分析）的运转周期约为42个工作日

样品数更多时，项目周期根据项目规模而定

五、合格指标   产生不低于合同规定的clean reads 

 

更多详情： http://www.biogenius.cn/htm/products/clipseq-ripseq/

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途