免疫共沉淀测序 ChIP-Seq

 免疫共沉淀测序 ChIP-Seq服务 

 染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。随着新一代测序技术的发展和成熟，染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合—Chromatin Immunoprecipitation Sequencing（ChIP Sequencing）可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为研究的深入开展打下基础。

染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。

随着新一代测序技术的发展和成熟，染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合—Chromatin Immunoprecipitation Sequencing（ChIP Sequencing）可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为研究的深入开展打下基础。采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，再通过高通量测序与数据分析，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，并且可以基于多个样品进行差异比较。

ChIP-Seq原理

甲醛处理细胞---收集细胞，超声破碎---加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合---洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物---解交联，纯化富集的DNA-片断---PCR分析。

技术优势

检测范围广：全基因组范围的免疫沉淀与测序分析；

高性价比：基于抗体富集目标区域，有效降低测序数据量；

微量样本：只需5ng（仅针对人类样本）以上免疫沉淀后的DNA，即可进行测序分析

项目流程

研究内容： 
 

一、标准信息分析 
 

1.去接头污染，去低质量reads和产量情况统计

2. ChIP测序序列与参考基因组序列的比对

3. ChIP测序唯一reads在全基因组的分布

4.统计ChIP测序数据富集区域（Peak）的信息

5. Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析、Pathway分析

6.多个样品间的定量差异分析

7. UCSC genome browser 可视化

二、定制化信息分析 
 

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。

更多解决方案： 
 

一、样本要求

样品类型：DNA样品；

总量：≥ 10 ng ChIPed DNA（人类样本可以低至5ng）；

浓度：≥ 1 ng/μL；

纯度：OD260/280= 1.8 -2.0；

DNA片段大小：分布在100~500 bp范围，且主带明显。请提供DNA打断后的检测胶图以确定DNA片段大小是否符合要求，并请附加一份详细的样品信息单并提供ChIP后的q-PCR验证结果；

二、测序策略  50 SE。

三、推荐数据量 20M或40M clean reads。

四、项目执行周期

25个以下的免疫沉淀后的DNA样品，标准流程（仅包括标准信息分析）的运转周期约为30个工作日；

12个以下的细胞系样品，标准流程（仅包括标准信息分析）的运转周期约为42个工作日；

样品数更多时，项目周期根据项目规模而定。

五、合格指标   产生不低于合同规定的clean reads。


更多详情：http://www.biogenius.cn/htm/products/chipseq/ 

 

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