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DCAM-01:DNA甲基化芯片原始数据的预处理

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 DCAM-01 :DNA 甲基化芯片原始数据的预处理
 

根据Illumine Infinium methylation assay 甲基化芯片技术平台的特点, 针对每探针甲基化位点原始数据进行病例组和对照组样本组内的背景数值校正(background adjustment)和标准化(normalization)预处理,然后对探针水平以及基因水平指标分别进行均值计算。
 
我们采用Beta-value与M-value指标来表征Infinium methylation assay甲基化芯片中甲基化强度和水平。我们在后期差异甲基化分析是可采用基于Beta-value和 M-value的处理,一些研究表明Beta-Value衡量甲基化水平的方法在识别差异甲基化CpG位点(特别是高甲基化或非甲基化位点)时具有较大的异方差性。当降低zei小差异阈值时,M-value方法比Beta-Value方法较好。我们在预处理时会多方面考虑如何选取甲基化强度和适当算法,以在后期计算差异甲基化位点时具有更稳健的结果。
 
 
 
 

图-1M-Value与Beta-value关系曲线图
 
 
 

图-2实验样本的M-Value与Beta-value分布图
 
 

图-3实验样本的技术重复的均值M-Value与Beta-value与标准偏差分布图

 

更多详情:http://www.biogenius.cn/htm/solution/Biochip/78.html
 

 

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