微生物Meta测序

简介

微生物Meta测序 16S rDNA序列（在所用物种中高度保守）是zei常用的细菌分类标准，通过提取环境样品的DNA，并扩增其中16S rDNA基因；通过检测16S rDNA 的序列变异和丰度，反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S rDNA 有9个高变区，V6区可以用来鉴定绝大多数细菌，基于Illumina HiSeq 2000平台的16S rDNA测序可以将V6区正反向读通，提供环境样本物种分类，物种丰度，种群结构，系统进化，群落比较等诸多信息，在微生物分类鉴定，微生态研究方等面起到重要作用。

应用领域

环境微生物分类、丰度分析 环境微生物群体基因集构建

分析内容

1. 标准信息分析 去除低质量，污染，引物序列，将PE reads拼接成Tag 等。

2. 高级信息分析

    a)对unique tags 聚OTU，并进行物种注释

    b)单样品复杂度的Alpha diversity分析

    c)物种（或OTU）丰度分析 注:可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析服务内容。

样品要求

样品类型：PCR扩增产物；

样品需求量：小片段文库，≥ 4 μg（浓度≥30 ng/μl；纯度OD260/280=1.8~2.0）；

总样品量需根据实验策略，如建库类型及建库数量而定；

项目周期

根据不同样品数和送样时间不同周期不同。V6 区样品，45个工作周日 注：分批送样时间延长，样本量大时间有延长几个工作日。 完成标准：对每个样品，产生不低于合同规定的Clean tags数量和Clean data数据量。

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途