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上海派森诺生物科技股份有限公司
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Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA、piRNA。Small RNA在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色，甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。高通量测序技术可以对样本中所有Small RNA家族进行测序和表达定量，从而解析miRNA、siRNA、piRNA、其它非编码RNA以及相应的靶基因序列。
一、 技术路线
推荐平台：Illumina MiSeq
二、 生物信息学分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. 小RNA的注释：
l 小RNA定位到基因组
l 其它序列（tRNA、rRNA、intron、exon、snoRNA、snRNA）注释
l microRNA注释
l piRNA注释
3. microRNA分析：
l microRNA的表达量分析
l microRNA的表达量差异分析
l microRNA表达模式聚类分析（热图）
l microRNA保守性分析
l 靶基因预测
l 网络分析（靶基因互作网络）
l 新microRNA预测
4. 根据客户需求进行个性化分析
三、 样品要求
1. 总RNA：浓度≥750 ng/μl，总量≥20 μg；OD 260/280介于1.8-2.2之间，OD 260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5；RIN值≥8.0；并确保RNA无降解，无污染。或者提供浓度≥20 ng/μl，总量≥200 ng的 Small RNA样品。同时提供Small RNA样品QC数据，包括电泳图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。
2. 提取总RNA时，请避免使用过柱法和LiCl沉淀法，以避免Small RNA的丢失。
3. 样品保存期间切忌反复冻融。
四、 经典案例
案例1：乳腺肿瘤miRNA序列和表达研究
背景：miRNA表达与多种癌症相关，大约50%得到注解的miRNAs在基因组上定位于与肿瘤相关的脆性位点（fragile site）。这说明miRNAs在肿瘤发生过程中起至关重要的作用。
目的：以乳腺癌细胞系、正常乳腺组织和乳腺癌组织作为研究对象，利用高通量测序技术筛选乳腺癌组织差异表达的miRNAs，并探讨其与乳腺癌发生发展的关系。
结果： 在低丰度的miR-196a-2*和miR-146a中发现了2个已知的SNPs；在高丰度的miR-181a(T19G)和miR-185(T16G)中发现了2个核苷酸多态性变异；乳腺癌组织中miR-21高表达，let-7家族和miR-98低表达；远端转移患者的mir-423高表达；三阴性乳腺癌与其他肿瘤亚群的不同之处在于miR-17-92基因簇的正向调节。研究结果有助于进步一了解miRNA在肿瘤发生过程中的调控作用。
[ Farazi TA, Horlings HM, ten Hoeve J, et al. MicroRNA sequence and expression analysis in breast tumors by deep sequencing. Cancer Research, 2011, 71(13): 4443–4453 ]
背景：植物为适应不同的环境，如干旱、盐碱、营养胁迫等，形成了一系列的分子调控网络，而miRNAs在适应生物和非生物胁迫中有着重要的作用。
目的：构建不同组织和不同处理的水稻miRNA文库进行高通量测序，获得高分辨率的水稻miRNAs谱，为禾本科植物miRNA研究提供借鉴思路。
[ Jeong DH, Park S, Zhai J, et al. Massive analysis of rice small RNAs: mechanistic implications of regulated microRNAs and variants for differential target RNA cleavage. The Plant Cell, 2011, 23: 4185-4207 ]
四、 常见问题解答
1. Q：原始数据中为什么含有3’接头和5’接 派森诺生物-Small RNA测序信息由上海派森诺生物科技股份有限公司为您提供，如您想了解更多关于派森诺生物-Small RNA测序报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。 注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途
