微生物基因组测序

微生物基因组测序

利用PacBio读长长、Illumina测序准确率高的特点，采用PacBio三代测序数据结合Illumina二代测序数据，可以高 效进行微生物基因组的de novo组装。

技术优势

读长超长
平均3-10Kb，至高可达30Kb以上
直接对单个分子进行测序
有效避免PCR扩增偏好性、GC偏好性，保证序列的均匀覆盖
同步测定碱基修饰
无需处理，直接实现各种碱基修饰的读取，包括4-mC、6-mA、5-mC、5-hmC

微生物基因组测序流程

案例展示
案例一  大肠杆菌基因组de novo测序

本研究对大肠杆菌E.coli三个菌株（ BL21、Bal225、DH5α）分别进行了基因组测序和de novo组装。对三个菌株分别利用PacBio、Miseq、IonTorrent进行测序和de novo组装，结果表明，PacBio单独组装所获得基因组contig数目较少、N50长度较大；而利用二代和三代测序数据的混合拼接，可以对基因组上的SNP实现有效鉴别。并且PacBio RS同步实现了三个菌株基因组5-mC碱基修饰的识别。

参考文献
Powers J, Weiqman V, Shu J,et al. Efficient and accurate whole genome assembly and methylome profiling ofE. coli.BMC Genomics, 2013；14:675.

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