Sequenom MassArray特异位点甲基化检测

Sequenom MassArray

Sequenom® MassArray甲基化研究平台适合于特定DNA片段甲基化的研究。在经过全基因组甲基化芯片或启动子区甲基化芯片初步筛选后，对差异甲基化基因位点的技术验证和生物学独立验证；或者研究者已确立甲基化基因目标，或只对某些特定DNA甲基化的检测有兴趣的情形。Sequenom ® MassArray DNA甲基化采用专业的引物设计软件，无需进行PCR产物纯化，无需任何荧光标记，是研究几个到几百个甲基化位点的理想手段。

实验步骤

1. 使用亚硫酸盐，将样本DNA中没有甲基化的C全部转化为U（相当于DNA中的T）
2. 使用特殊设计的一对引物扩增样本，获得带有T7 RNA聚合酶启动子序列的扩增产物
3. 在体外转录体系中，利用T7 RNA聚合酶，将扩增产物转录为RNA片断
4. 在步骤3的体系中，利用RNase A能够特异性识别并切割RNA中U 3’端的特性，
将RNA片断切割成携带有CpG位点的小片断
5. 使用sequenom®MassArray飞行质谱分析系统检测产物。
由于同一片断中，只有CpG和CpA之间16Da的分子量差别，即质谱图中两者峰的差距。

技术优势

· 一次检测100~700bp的目标序列（一般按500bp分段）
· 可获得单个的CpG unit或CpG site的甲基化程度定量信息
· 定量数据的标准差（standard deviation）为0.05
· 由于DNaseA特异性切割U3’端，因此如果两个CpG位点之间的序列没有U（对应DNA的T），
那么这两个位点在检测时只能作为一个整体进行检测，获得的甲基化程度数值为二者的平均值
· 由于MassArray质谱平台的检测范围为1500~7000Da之间。
因此，能够检测到的片断长度在5~22nt之间。片断过长或过短的CpG位点将无法检测到。

待测序列评估案例展示

上图中序列为正向序列，圆点代表CpG位点
蓝色标记的CpG位点，可以检测到。
红色标记的CpG位点，因序列问题，无法检测到。

实验结果展示

每个位点的甲基化程度另附Excel表格

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途