表达谱芯片应用

检测基因表达水平、差异基因筛选、基因功能研究

Affymetrix芯片平台

技术特点

采用独特的光蚀刻原位合成技术合成芯片
采用短探针设计（通常25mer长度），具有较好的灵敏度
采用多位点探针设计，即对一个基因转录本，设计多个探针，综合评价基因表达量

欧易生物是Affymetrix基因芯片官方认证服务商

技术流程

 Affymetrix  IVT

芯片类型

欧易特色

• 完整的硬件系统：配备有芯片检测所需的所有仪器，包括杂交炉、扫描仪、2100样品质控系统等
  专业的技术操作人员：十年以上芯片实验操作经验
  专业的生物信息分析团队，熟悉各种分析算法和软件
  更个性化的生物信息分析服务：与客户充分互动，提供更多个性化分析思路和分析方案
  完善的后续验证支持：持续专注于mRNA的定量检测，为上千位客户提供过相关服务
  

表达谱芯片分析流程

 表达谱芯片技术参数

案例展示

案例一  三阴性乳腺癌中TRA2A通过调控可变剪切促进紫杉醇耐药和肿瘤发展

研究背景

目前仍缺乏治疗三阴性乳腺癌（TNBC）的有效手段，其中，紫杉醇耐药是治疗主要的障碍之一。已证实选择性剪接的失调可能会导致肿瘤发展和化疗耐药。人类选择性剪接调控基因TRA2有两个旁系同源基因分别负责编码TRA2A和TRA2B，已有研究证明TRA2B与癌细胞存活和治疗敏感性有关，但TRA2A在肿瘤发展中发挥的功能尚不清楚。

研究内容

欧易生物携手天津医科大学，对过表达TRA2A的细胞株和正常细胞株进行表达谱芯片筛选，分析TRA2A调控的可变剪接。最终研究表明三阴性乳腺癌中TRA2A可以增强癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力。此外，TRA2A可以通过调控与癌相关的可变剪接增强乳腺癌细胞对紫杉醇的抗性。

研究结果

1. 对正常乳腺癌细胞和紫杉醇抗性乳腺癌细胞株进行表达谱芯片筛选，发现抗性细胞株中TRA2A特异性高表达。
2. 验证TRA2A的功能，发现过表达TRA2A可以促进癌细胞迁移和侵袭。
3. 通过表达谱芯片进行可变剪接筛选，筛选得到7个候选基因，随后，紫杉醇处理癌细胞后发现其中的三个基因（CALU、
RSRC2和PALM）发生可变剪接，表明紫杉醇抗性细胞株中TRA2A主要调控CALU、RSRC2和PALM的可变剪接。
4. 临床组织样本验证TRA2A的表达和CALU、RSRC2和PALM的可变剪接，发现TRA2A的表达与三阴性乳腺癌病人生存率、肿瘤发展阶段以及紫杉醇抗性等密切相关。在肿瘤复发和转移组织样本中发现，RSRC2的两个转录本中RSRC21高表达而RSRC2s低表达。对RSRC2s进行功能验证，结果表明RSRC2s的敲降增强了细胞对紫杉醇的耐药性。
5. 通过PubMed发现RSRC2中RSRC21保留了第四个外显子，该外显子含有一个提前终止密码子，使得RSRC21不能正常
翻译成功能蛋白。随后，作者通过可变剪接微基因报告方法证明了TRA2A通过调控可变剪接使得RSRC21高表达RSRC2s低表达，从而抑制功能蛋白的表达。

参考文献
Liu T, Sun H, Zhu D, et al. TRA2A Promoted Paclitaxel Resistance and Tumor Progression in Triple-Negative Breast Cancers via Regulating Alternative Splicing. Mol Cancer Ther 2017; 16(7): 1377-1388. (IF: 5.579)

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途