环状RNA测序(circRNA测序)

环状 RNA 测序

环状 RNA（circRNA）是一类特殊的 RNA 分子，也是 RNA 领域的研究热点。与传统的线性 RNA（linear RNA，含 5’和 3’末端）不同，circRNA 分子呈封闭环状结构，不受 RNA 外切酶影响，表达更稳定，不易降解。近几年的研究表明，circRNA 在生物的生长发育、疾病的发生发展、对外界环境的抵御等方面具有重要的调控作用。由于 circRNA 的闭合环状特性，通过去除 total RNA 中的 rRNA 和线性 RNA 分子，可以特异地富集 circRNA 分子后测序，更有针对性地分析受检样本中特定的 circRNA 谱、circRNA 剪接模式、组间差异和分子功能等。

欧易特色
应用范围广
可以检测几乎任何动植物的 circRNA
环状 RNA 全覆盖
高深度覆盖，可以检测到低丰度的 circRNA
生物信息学分析
强大的生物信息学团队，提供circRNA 鉴定、circRNA 功能预测、
circRNA 分子标志物筛选等深入分析易读性强的数据报告

推荐测序模式
●  Hiseq X Ten，PE150    ●  推荐10 Gb/样本

案例展示
案例一  大鼠肝再生启动期中的 circRNA 表达特征及关键 circRNA 筛选

研究背景
肝再生在众多肝相关疾病中发挥重要作用。目前已有关于大鼠肝再生中肝细胞的增殖、能量代谢等分子机制研究，此外，circRNA 的丰度和肝细胞增殖间的关联也已有报道。然而，大鼠肝再生中 circRNA 的调控功能仍有待于研究。

研究内容
欧易生物携手河南师范大学生命科学学院，构建大鼠肝再生模型，利用 circRNA 测序探究大鼠肝再生过程中 circRNA 表达特征。利用 circRNA 测序共筛选获得在肝再生中差异表达的 159 个 circRNA。通过 GO 和 KEGG 对差异 circRNA 进行功能富集分析并构建了 circRNA-miRNA 互作网络。最后，通过 qRT-PCR 验证了可能在肝再生中发挥重要调控作用的 circRNA。

研究结果
1. circRNA 测序共获得 2412 个 circRNA 的表达信息，其中 159 个 circRNA 的表达具有显著性差异。
2. GO 富集分析发现，肝再生中与肝损伤修复有关的条目获得显著性富集，如细胞增殖、能量代谢等。
3. 利用两种不同方法筛查可能在肝再生中起重要作用的 circRNA，通过 qRT-PCR 验证发现其中的 6 个 circRNAs 可能在肝再生中起关键调控作用。

参考文献
Li L, Guo J, Chen Y, et al. Comprehensive CircRNA expression profile and selection of key CircRNAs during priming phase of rat liver regeneration. BMC Genomics 2017; 18(1): 80. (IF: 3.867)

常见问题

1. cricRNA 测序和普通的 RNA-seq，在抽提 total RNA 时有区别吗？
circRNA 测序对 total RNA 的要求与普通的 RNA-seq 相同，所以抽提方法也相同。但是由于 circRNA 建库需要去除 rRNA 和线性 RNA，所以需求大量的 total RNA，需提供 ≥22 μg 的 total RNA，其中 20 μg 用于 circRNA 建库。

2. 全转录组测序和 circRNA 测序区别在哪里？如何选择？
两种测序方式的相同之处为都可以获得 circRNA 序列信息。不同之处在于，全转录组测序除了 circRNA 序列信息外，还可以获得 mRNA 和 lncRNA 的序列信息，可以进行 circRNA-mRNA、lncRNA-mRNA 关联分析和网络构建，lncRNA 的调控机制（cis 和 trans）等分析；但由于建库方式的差异和测序数据量的限制，全转录组测序所获得的 circRNA 类型通常比 circRNA 测序要少。而 circRNA 测序，只能获得 circRNA 序列信息，但 circRNA 测序可以获得比全转录组测序更多的 circRNA 类型，可以对 circRNA 的剪接模式和 circRNA 类型进行更细致、深入的分析，便于发现新的 circRNA。

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