拷贝数变异（CNV）检测

1.基本概念

拷贝数变异（copy number variants, CNVs），指与参照序列相比，基因组中一段大小为1Kb至3Mb的DNA结构变异，其类型包括单一片段的扩增、缺失、 插入等，及其相互组合衍生出的复杂结构变异。

CNVs作为一种新的分子遗传标记，广泛存在于人类基因组中，是基因组结构性差异的重要形式。与SNP相比，CNVs覆盖了更多的基因组序列，突变率更高。研究显示，CNVs与神经类、免疫类、遗传类、癌证以及其他许多人类复杂疾病密切相关。

我公司2011年自主研发了基于竞争性PCR技术的多重基因定量技术，用于CNVs的检测。该技术方法具有精确度高、灵敏度高 、实验周期短、检测位点多等特点。竞争性PCR是上世纪90年代研发成功的一种PCR技术。虽然该技术是定量准确度zei高的PCR技术，但限于当时实验技术条件（如竞争性模板制备和定量困难），未能得到广泛应用。本公司基于现有多种核酸技术，将竞争性PCR技术开发成一种常规的服务项目，实现高通量的精确基因定量。 

2. 技术原理及实验流程

2.1 技术原理

竞争性PCR技术是通过每反应孔中存在相同的竞争性PCR模板来校对PCR管内多重PCR的扩增差异，从而获得可靠的结果。那一段竞争性序列与目标基因序列基本相同，两者用共同引物进行扩增，具备相同的扩增效率，因此PCR终产物的浓度比值反应了起始模板的浓度比值。

图1 竞争性PCR技术原理

2.2 实验流程

  实验流程如图所示：包括多重竞争性PCR，测序仪电泳分离机数据分析。

 图2 实验流程与结果示意图

3 服务流程

3.1 标准服务流程

1) 客户沟通，确认实验位点，并进行相关分析，提示实验可行性。

2) 建立实验方案，并在此过程中和客户保持密切沟通。

3) 大规模实验，有严格的指控流程保证实验结果可靠。

4) 补数据，尽可能提高样本的使用率。

 图3 服务流程示意图

4 实验结果及分析

利用该技术对转基因小鼠和C57BL/6小鼠的8个位点进行了CNV检测。检测结果参见图4。

 图4  小鼠CNVs检测及结果分析

上海翼和应用生物技术有限公司

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