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目标区域捕获测序

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    在后基因时代,对基因组候选区段或候选基因的重测序的需求日益增加,候选区段范围在5K-100K之间,采用传统的Sanger测序或目标区域杂交捕获测序价格昂贵。因此基于超高重PCR的扩增子捕获测序应对该长度范围内的使用性强,针对连续区段,外显子靶标以及客户指定位点,特异性设计扩增引物,经过引物优化及修饰,多重PCR一次性捕获所有位点。

    上海翼和生物目标区段重测序服务采用翼和自主研发的多重PCR技术,克服扩增效率不均一问题,保证每个扩增子间拷贝数差异控制在平均深度的5-10倍(利用ABI7900定量PCR检测多重PCR产物,根据CT值判读产物浓度,确保产物间的均一性)。

    应用领域:孟德尔遗传性疾病的筛查和诊断,GWAS候选区段重测序,QTL定位区段重测序,精准医疗研究与应用等。

 

 

 

实验原理:

 

1、设计多重PCR引物,从基因组DNA中扩增目标区域序列

2、优化多重PCR反应,使目标区域能够均匀覆盖

3、扩增目标区域,加测序接头,不同样本加上不同index区分

4、利用高通量测序平台对目标区域进行深度测序

5、生物信息学分析,找出目标区域中的多态或突变位点

 

 

 

 

 

 

 

1、若样品为基因组DNA,要求:DNA浓度≥20ng/ul,体积>20ul。纯度OD 260/OD280 在1.8~2.0之间。

2、若分型样品为血样,样本要求:血液样品,体积大于500ul,需用抗凝剂抗凝,送样过程中请注意保持低温,防止DNA降解。提取DNA将收取DNA提取费。

3、客户在寄送样品的时候,应在送样包裹中放置足量的冰袋,以减少在运输过程中因温度变化导致DNA降解的可能。

4、提供片段序列信息,被选区域可以是连续的基因组序列,也可以是独立片段或外显子序列。

 

遗传性疾病的筛查和诊断

孟德尔遗传疾病又称单基因疾病,是新生儿出生缺陷的重要原因之一。截至2016年,已经发现的单基因遗传病多达4000多种,致病基因3000多个。人的基因平均长27kb,传统的sanger测序法很难实现低成本快速筛查。目标区域捕获测序很好的解决了这一难题,通过多重PCR对扩增整个基因区域,一次性捕获,结合高通量测序技术,多样本同时测序,在大样本量筛查的同时极大的降低成本。

 

复杂疾病致病基因筛查 

除孟德尔遗传疾病以外,大部分疾病有着更为复杂的遗传机制。像肿瘤、心脑血管疾病等都是复杂的多基因疾病,这些基因往往由多个基因以及环境的相互作用所控制,每个基因对于基因的发生发展起了微效作用。通过全基因组关联分析、外显子组测序、全基因组测序等研究,我们已经知道许多相关的基因/区域与疾病相关。通过对疾病相关基因富集后测序,降低了测序费用,可在同样的研究经费下增加样本量,获得有统计学意义的结果。针对癌症相关的热点基因热点区域的捕获,可以低成本地获得高深度测序结果,发现低频率突变,帮助临床研究专家进行新的科学发现和有意义的临床方案开发。 

 

辅助QTL候选基因定位 

QTL定位是动植物复杂性状研究的重要方向,通过遗传群体的分析,可以将候选基因定位于特定区间内,通过扩大群体方法进行精细定位往往费时费力,这些区域一般长达几百kb甚至几Mb,包含较多的基因。目标区域重测序可以一次获得QTL区域内的基因序列,经过序列差异分析及基因功能预测,可有效的帮助遗传学家快速确定候选基因。

 

功能基因筛查 

对功能性状或代谢途径的研究会涉及到一系列基因,如何选择其中的重要基因进行研究是关键。对相关途径中的所有基因进行捕获测序,结合序列和功能的分析,可以预测基因的功能与作用,为下一步的功能研究奠定基础。尤其适合于非模式生物自然群体中的功能基因组学研究。

 

精准医疗研究与应用

不同病人对于药物的代谢能力、敏感性、耐受性不同,不合适的用药会导致效果不佳甚至不良药物反应。通过全面筛查病人药物反应相关基因多态(突变)情况,可指导病人合理用药。例如通过对癌症基因进行测序,可制定针对性治疗方案,选择相应的靶向药物,降低病人治疗费用,避免无效用药和随之而来的副作用。

 

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注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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