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SNP分型检测技术服务

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        SNP(single nucleotide polymophism),即单核苷酸多态,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点,是继微卫星之后的第三代遗传标记。有些SNP位点还会影响基因的功能,从而导致生物性状改变甚至致病。 

        SNP研究包括SNP发现(discovery)、SNP验证(validation)以及SNP筛选(Screening or Scoring)。广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面,将逐渐取代微卫星而成为新一代的分子生物学标记)。和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。SNP的分布不均匀,非转录序列中要多于转录序列,绝大多数位于蛋白的非编码区。虽然SNP不及RFLP和短串联重复序列STR标记变异程度高,但由于数量巨大,分布频密,因此就整体而言,其多态性要高得多。  

       为适应日益增长的SNP研究需求,和各类客户的不同需要,我们利用多套技术方案为不同客户提供量身定做的个性化服务。

1.直接测序法进行SNP分析
       在所有SNP的检测方法中,对待检测片段进行直接扩增、测序是zei为准确的方法,也是SNP分析的金标准。通常情况下,纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型,而杂合型SNP位点的测序峰为套峰,因而很容易将其区分开来。通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。
1) 技术流程:
      样品基因组DNA提取 — 根据不同的区域进行引物设计、合成 — 对所有样品进行基因扩增并纯化 — 测序 — 统计与分析
2) 样品要求:
血液样品:样品为EDTA抗凝或枸椽酸钠抗凝,样品量大于1ml,样品采集后于-20℃或-80℃保存;
组织样品:样品可以为新鲜组织(zei好-80℃保存)、石蜡包埋组织或95%乙醇中固定的组织,组织量大于50µg 细胞、菌液等。
3)提供结果:
实验流程、电泳图、测序图谱、SNP基因型统计结果等。

2.Taqman探针法(定量PCR)
        客户根据实验要求挑选出SNPs后,提交给我们进行引物与探针设计与合成,整个过程大约需要2~3周。上述工作完成后,客户提供2ug的DNA样品,经确认样品质量合格我们即可进行实验,帮您轻松完成大量样品的检测与分析。
1)技术特点:
A、适合位点数量少,样本通量高的检测(每个位点需要合成两条探针,探针合成费用高);
B、应用ABI7900、ABI7500定量PCR仪进行定量检测;
C、操作简便,只需一步 PCR 反应,无须进行纯化和预处理,直接上机检测;
D、结果清晰,软件分析结果界面友好,标出了每个样本的基因型及荧光强度,非常直观;
E、可采用ABI合成的探针或国产探针。
2)样品要求:同测序法。
3)提供结果:实验流程、电泳图、定量PCR结果、统计分析结果等。

3.Beckman SNPstream UHT genotyping技术方案
         客户根据实验要求挑选出SNPs后,提交给我们进行设计与评价,整个过程大约需要2~4周。客户提供2ug的DNA样品,经确认样品质量合格我们即可进行实验,帮您轻松完成大量样品的检测与分析。
1)技术特点:
        采用BECKMAN独家专利技术(单碱基引物延伸技术),需要样品量低,速度快,可采用12重或48重PCR,进行多位点同时检测。转化率约80%,成功率约90%,准确率达99%。
2)实验流程:
序列比对 — 引物设计(12重或48重)— 引物合成 — DNA抽提和定量 — PCR — 纯化 — 单碱基延伸反应 — 杂交 — 扫描 — 分析
3)样品要求:同测序法。
4)提供结果:实验流程、DNA电泳图、统计分析结果等。

4.Illumina Goldengate 技术方案---中通量SNP检测
        客户根据实验要求挑选出SNPs后,我们将提交给Illumina公司进行评价,评分通过后,委托Illumina公司进行生产。整个评分、生产及到货过程大约需要3~4个月。芯片到货后,客户提供2ug的DNA/样品,经确认样品质量合格我们即可进行实验,实验结果经Illumina Beadstudio分析软件进行分析,帮您轻松完成大批量的SNP检测与分析。
1)技术特点:
        利用illumina公司独有的微珠芯片专利技术,高检出率,高成功率,高准确率,为目前zei佳中高通量SNP分析解决方案,极强的性价比,平均下来单个反应费用低。格式为96位点/芯片,384位点/芯片,768位点/芯片,1536位点/芯片,芯片订货数量应为96的倍数。
2)实验流程:
SNP位点选择 — SNP位点评估 — 芯片制作(委托illumina公司、时间约3个月) — DNA抽提 — 片段化 — 芯片杂交 — 扫描 — 数据统计分析
3)样品要求:同测序法。
4)提供结果:实验流程、DNA电泳图、芯片杂交图、原始数据、标准化后的数据、统计分析结果等。

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