技术简介
m1A RNA甲基化是一类新发现的RNA甲基化，即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修饰。研究表明，m1A是真核生物tRNA和rRNA丰度很高的一种转录后修饰，近期研究也表明m1A修饰可调控mRNA翻译。m1A修饰作为一类新型RNA甲基化，其功能和机制都亟待挖掘。
与m6A RNA检测方式一致，针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术，抗体富集的技术原理如下：将m1A RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育，抓取有甲基化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本为未进行IP反应的RAN片段，对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。 

 

云序生物m1A RNA-seq实验流程

产品列表

云序优势

技术优势：

可单碱基分辨率检测m1A甲基化修饰。

特异性高：

m1A RNA-seq采用商业化m1A抗体，可特异性富集m1A修饰片段。

一站式服务：

客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA，云序生物为您完成从m1A RNA-seq富集、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

专业的生物信息学分析：

云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。
样本要求

样品类型：

组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量：

细胞： > 1×108

组织： > 5 g 

总RNA：> 300 μg (OD260/280≥1.8；OD260/230≥1.5；无明显降解，电泳检测样品特征性条带完整清晰，无明显弥散或拖尾 28S：18S≥1.5或者RIN≥7）

样品运输及保存：

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成5-10 mg的小块），可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后，-80℃保存，RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，样品保存期间避免反复冻融。

数据分析
1、RNA甲基化富集峰分布图※





2、RNA甲基化位点motif分析※



3、RNA甲基化富集峰可视化图



4、差异甲基化区的GO和KEGG信号通路分析


※表示高级分析
案例解析
案例1：真核生物mRNA中m1A的动态修饰研究


 

原文：The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA

期刊：Nature 影响因子：41.456

芝加哥大学等处的科学家在国际杂志Nature上发表的一项研究论文，该研究通过m1A RNA甲基化测序技术在真核生物mRNA中对m1A甲基化作用进行全面的分析，揭示了m1A修饰可以明显增强基因向蛋白质的表达过程。并且m1A修饰具有进化保守性，在人类、啮齿类动物及酵母中普遍存在。


          
                                        图1. m1A RNA甲基化测序流程

 

案例2：细胞核和线粒体编码的转录本的m1A甲基化修饰

原文：Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts

 

期刊：Molecular Cell 影响因子：15.59

本研究通过单碱基分辨率方法“m1A-MAP”鉴定了细胞核和线粒体中m1A甲基化修饰位点。结果发现大多数m1A甲基化修饰富集在mRNA的5’UTR，小部分符合“GUUCRA”基序的m1A位点由一个已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A修饰。此外，线粒体编码的转录本中也有大量的m1A甲基化修饰。该研究还表明，位于5’UTR区，尤其是转录本第一和第二位上的m1A可促进mRNA翻译，而位于编码区的m1A可抑制翻译作用。因此，m1A测序不仅揭示了核编码和线粒体编码的转录本上不同类型的m1A甲基化修饰，还为进一步m1A甲基化功能验证提供了重要工具。

图2. 人转录组的m1A RNA修饰分布及对翻译效率的影响



图3. m1A甲基化位点motif分析




案例3：细胞核和线粒体编码的转录本的m1A甲基化修饰-Base-Resolution
期刊：Molecular Cell 影响因子：13.84
本研究通过单碱基分辨率方法的m1A RNA甲基化测序技术鉴定了细胞核和线粒体中m1A 甲基化修饰位点。结果发现大多数m1A甲基化修饰富集在mRNA的5’UTR，小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位点由一个已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A 修饰。此外，线粒体编码的转录本中也有大量的m1A 甲基化修饰。该研究还表明，位于5’UTR 区，尤其是转录本第一和第二位上的m1A 可促进mRNA 翻译，而位于编码区的m1A 可抑制翻译作用。因此，m1A 测序不仅揭示了核编码和线粒体编码的转录本上不同类型的m1A 甲基化修饰，还为进一步m1A 甲基化功能验证提供了重要工具。


             

            图4.m1A-MAP揭示核编码和线粒体编码转录本上不同类型的m1A甲基化组





 

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途