16S/18S/ITS扩增子测序

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区，使用Illumina MiSeq将目的区域正反向读通，通过检测目的区域的序列变异和丰度，对环境样本物种分类及丰度，种群结构，系统进化，群落比较等方面信息进行分析的研究方法。

　　16S rDNA是细菌分类学研究中zei常用的“分子钟”，其序列包含9个可变区（Variable region）和10个保守区（Constant region）。可变区因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定，微生态研究等方面起到重要作用。

　　18S rDNA或ITS（Internal Transcribed Spacer）被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。ITS属于中度保守的区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。

技术优势

1. 过程简单、易操作：环境样品（微生物群落）的zei优解决方案，完全摆脱繁杂的菌株分离工作；

2. 准确性高：从碱基保守水平测定，真实反映物种情况；

3. 更为高效：与传统的研究方法相比，具有通量大、产出数据多；

4. 灵活：多种测序策略可满足16S/18S/ITS不同高变区域的研究需求。

研究内容

一、标准信息分析

　1）数据处理

　　去除低质量及含有接头（adapter）、读N碱基等的reads

　　产出数据及质控统计

　　Paired-end reads拼接为tags

　　去除引物序列

　2）标准信息分析

　　i 物种组成和丰度分析

　　　OTU及其丰度分析

　　　OTU聚类

　　　OTU韦恩图（2≤样本数或组数≤5）

　　　OTU PCA分析

　　　OTU Rank曲线

　　　物种及其丰度分析

　　　物种注释

　　　物种热图分析

　　　物种系统进化分析

　　ii 样品复杂度分析

　　　单个样品复杂度分析

　　　Alpha多样性分析

　　　Alpha多样性稀释曲线图

　　　组间样本Alpha多样性指数盒形图与差异检验（组别≥2，每组样品数≥3）

　　　样品间复杂度比较分析（n≥4）

　　　Beta多样性分析

　　　Beta多样性热图

　　　Beta多样性PCoA分析

　　　不同样品物种组成聚类分析

　　iii 样品组间显著性差异因子（物种）分析（组别≥2，每组样品数≥3）

　　iv 信息挖掘推荐

二、定制化分析case by case

　　可结合客户的需求，协商确定信息分析内容。

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