简介

      环状RNA（circRNA）是一类新发现的RNA分子，普遍存在各类生物中，数量多达十万种，目前筛选环状RNA主要有两种途径，一是高通量测序，二是芯片检测。区别于芯片预制好的只能检测有限数量环状RNA分子，高通量测序不仅通量大、信息准确，而且可以发现新的环状RNA，是目前筛选环状RNAzei有效、性价比zei高的方法。

      吉赛生物circRNA测序采用illumina Hiseq 3000平台进行测序，针对有参考基因组样本开展准确的circRNA鉴定，以及其亲本基因分析，可应用于医学、农学研究等多领域的科学研究。

方案设计科学：从材料选取、建库测序到数据分析，每一步都经过科学、慎密的设计，保障高质量研究成果。

高覆盖度和精确度：可以检测到低丰度的circRNA分子，同时也可鉴定新的circRNA。直接对circRNA 的junction位点进行测序，提高数据的准确性。

实用的信息分析：资深生物信息学分析团队利用zei主流的软件针对circRNA进行鉴定，并通过分析circRNA亲本基因，有效指导circRNA后续功能研究，提供出版级分析图片。

样本要求

测序模式

测序平台：illumina Hiseq 3000

测序模式：PE150

测序数据量：50M reads

实验流程

生物信息学分析主要内容

结果示例

测序完成后，为了保证数据质量，我们会在信息分析前对原始数据进行质控，并且通过数据过滤来减少数据噪音。确保zei终得到 High quality  clean reads，用于后续的信息分析。过滤的步骤包括：去除含 adapter 的 reads；去除含 N 比例大于 10%  的reads；去除低质量 reads (质量值 Q≤10 的碱基数占整条 read 的 50％ 以上)。

circRNA的鉴定和主要类型

    目前发现的circRNA主要来源于基因外显子，但多项研究也表明circRNA的类型比想象的要复杂，可以来自基因组上多种基因结构。

circRNA表达差异分析

    我们采用经典的RPKM算法统计circRNA的back-splicing位点处的junction  reads数来归一化处理，edgeR软件计算筛选差异表达的circRNA，对p-value进行多重假设检验校正，FDR决定p-value的阈值得 到q-value。


circRNA亲本基因富集分析

    在生物体内，不同基因相互协调行使其生物学，基于GO和Pathway的分析有助于更进一步了解基因的生物学功能。

Pathway和GO富集分析图

环状RNA circRNA 高通量测序服务信息由广州吉赛生物科技股份有限公司为您提供，如您想了解更多关于环状RNA circRNA 高通量测序服务报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途