表达谱芯片应用

基因表达谱芯片可使科研工作者实现在mRNA水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对象在特定生物过程中（如疾病、发育、分化、凋亡等）基因表达变化的全面信息。

平台： Affymetrix芯片平台

技术特点

1. 芯片设计：采用光蚀刻原位合成技术合成芯片；

2. 灵敏度高：25mer长度的短探针设计，灵敏度更高；

3. 重复性高，稳定性好：针对每个转录本设置多组探针，保证信息完整性及实验稳定性。通用性：Agilent所有芯片相关产品都采用了1″×3″工业标准的芯片。

技术流程

芯片种类

Affymetrix表达谱芯片目录

伯豪特色

1. 成熟的服务平台：稳定而系统的芯片实验全面解决方案，可为客户提供总RNA抽提、样品质检、RNA标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析。

2. 多样化的服务内容：提供芯片和测序两种高通量检测技术以及低通量检测技术RT-PCR。

3. 专业的实验人员：从RNA抽提到芯片杂交均配有专业的实验人员，丰富的芯片操作经验，确保芯片实验顺利完成。

4. 专业的分析团队：实战经验丰富的分析团队，除能快速完成基础分析外，还能根据客户需求完成个性化分析，提供各类高大上的图表。

表达谱芯片分析流程

表达谱芯片技术参数

案例展示

案例一

癌症干细胞能够通过自我更新和分化，启动并维持癌症的发生和发展。Metadherin (MTDH)广泛参与了肿瘤生长、药物抗性、肿瘤复发和转移，中科院的研究团队通过深入研究，揭示了MTDH对乳腺癌干细胞的的表观遗传学调控。 研究显示，MTDH可以促进TWIST1启动子的组蛋白H3乙酰化，由此间接激活TWIST1。进一步研究表明，这一过程是组蛋白乙酰转移酶CBP介导的，MTDH能与CBP相互作用阻止其降解。研究人员还发现，乳腺癌临床样本中的MTDH表达与TWIST1表达和CSC丰度正相关。研究指出，MTDH通过调控TWIST1推动CSC累积和乳腺肿瘤发生，这一发现有助于深入解读MTDH在癌症中的功能。

案例二

视网膜变性疾病，是一类以光感受器和视网膜色素上皮细胞变性和功能丧失导致视功能损害为共同表现，以视网膜细胞的凋亡为重要病理特征的致盲性眼病。研究人员利用视网膜变性小鼠模型移植实验，结合全转录本芯片的检测（相关芯片服务由上海伯豪生物技术有限公司提供）,发现 canonical Wnt 通路在胚胎干细胞来源的视网膜前体细胞（ESC-RPCs）中的异常激活及在调控治疗效果和肿瘤形成中的关键作用。

参考文献

[1]Liang Y, Hu J, Li J, Liu Y, Yu J, Zhuang X, Mu L, Kong X, Hong D, Yang Q, Hu G. Epigenetic Activation of TWIST1 by MTDH Promotes Cancer Stem-Like Cell Traits in Breast Cancer. Cancer Res. 2015.
[2]Lu Cui1,2,3, Yuan Guan1,2, Zepeng Qu1,3, Jingfa Zhang2, Bing Liao1,3, Bo Ma4, Jiang Qian4, Dangsheng Li5, Weiye Li6, Guo-Tong Xu2 and Ying Jin1,3.WNT signaling determines tumorigenicity and function of ESC-derived retinal progenitors.J Clin Invest. doi:10.1172/JCI65048.

    Affymetrix 是原位合成寡核苷酸技术的首创者，是基因芯片的早期开发者。Affymetrix专利的寡核苷酸原位光刻合成技术使得芯片上的信息储量zei大化，使研究工作者们可以通过全基因组研究对遗传学与健康之间的关系进行分析。其产品具有种类丰富、信息量大的特点。

   上海伯豪生物技术有限公司（上海生物芯片有限公司全资子公司，生物芯片上海国家工程研究中心）是中国首家通过Affymetrix认证的技术服务供应商以及Affymetrix优秀服务商，为客户提供稳定而系统的Affymetrix芯片实验服务全面解决方案，可为客户提供芯片杂交、洗涤、扫描和数据分析等服务。

   2009年，上海伯豪生物技术有限公司zei新引进Affymetrix GeneTitan系统。该系统是世界上第一台全自动、无需人工的芯片处理系统。整合了杂交炉、洗涤工作站和扫描仪，实现了从杂交到扫描的全自动化芯片处理。从而为高通量的进行芯片实验提供了可能。

   产品列表如下：（详情请参考本公司网站：www.ebioservice.com 或Affymetrix公司网站：http://www.affymetrix.com/index.affx）

芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array
芯片介绍：此款芯片包含了47,000个转录本，代表了38,500个明晰的人类基因。数据库来源于GeneBank、dbEST、RefSeq、 UniGene database(Build 159 January 25 2003)、 Washington University EST trace repository、 NCBI human genome assembly(Build 31)。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip® HT HG-U133+ PM Array Plate （NEW!）
芯片介绍：该款芯片使用Affymetrix GeneTitanTM系统进行检测，可同时自动处理24或96个样品，芯片信息与Affymetrix 人U133 Plus 2.0芯片相同。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Human Exon 1.0ST Array
芯片介绍：Affymetrix全转录本表达谱芯片产品；约有4个探针来针对每个外显子 / 约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Human Gene 1.0ST Array
芯片介绍：Affymetrix 新款表达谱芯片产品，覆盖全转录本；每个基因用大约25个探针来检测，对28,869个功能明确基因表达情况进行检测。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Mouse Genome 430 2.0 Array
芯片介绍：Affymetrix 小鼠基因组430 2.0芯片涵盖了39,000个转录本，代表34,000个明晰的小鼠基因。序列信息基于GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip® HT MG-430 PM Array Plate (NEW!)
芯片介绍：该款芯片使用Affymetrix GeneTitanTM系统进行检测，可同时自动处理24或96个样品，芯片信息与Affymetrix 小鼠基因组430 2.0芯片相同。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Rat Genome 230 2.0 Array
芯片介绍：Affymetrix 大鼠基因组230 2.0芯片包含有31,000个probe sets，代表28,000个明晰的大鼠基因。序列信息基于GenBank , dbEST, RefSeq等权威数据库。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip® HT RG-230 PM Array Plate (NEW!)
芯片介绍：该款芯片使用Affymetrix GeneTitanTM系统进行检测，可同时自动处理24或96个样品，芯片信息与Affymetrix 大鼠基因组230 2.0芯片相同。

猪表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Porcine Genome Array
芯片介绍：猪（Sus Scrofa）是人类重要的肉食来源，也是用于肥胖，心血管类疾病和器官移植相关研究的重要模式生物。Affymetrix 猪基因组芯片包含23,937 个探针组，涵盖了23,256个转录本，代表20,201个基因。

犬表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Canine Genome 2.0 Array
芯片介绍：犬是人类疾病医学研究的重要模式生物。Affymetrix犬基因组芯片2.0可使研究者同时研究18,000个家犬（C. familiaris）转录本和超过20,000条非冗余预测基因。

牛表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Bovine Genome Array
芯片介绍： Affymetrix牛基因组芯片覆盖了23,000个转录本。可帮助研究者研究诸如牛的疾病抗性、肉奶产量等课题。

恒河猴表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Rhesus Macaque Genome Array
芯片介绍：恒河猴（Macaca mulatta）是用于研究诸人类疾病的重要模式生物。该款芯片涵盖了47,000个转录本。序列信息来源于 Rhesus Macaque Whole Genome Shotgun Assembly (October 1, 2004)、 GenBank( March 30, 2005)。

鸡表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Chicken Genome Array
芯片介绍：该款鸡基因组芯片是用于鸡基因组研究以及鸡病毒性病原体研究的重要工具。芯片覆盖32,773个转录本，可同时检测28,000条基因。该款芯片还包含689个探针组可检测来自17种鸟类病毒的684个转录本。

非洲爪蟾表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Xenopus laevis Genome 2.0 Array
芯片介绍：非洲爪蟾，Xenopus laevis，是一种重要的用于发育生物学相关研究的模式生物。AAffymetrix非洲爪蟾基因组芯片2.0可检测非洲爪蟾的全基因组表达情况。该款芯片包含32,400个探针组，代表超过29,900个非洲爪蟾转录本。序列信息来源于 X. laevis UniGene build 69 (July 2006) 以及 GenBank® mRNAs (September 12, 2006)

斑马鱼表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Zebrafish Genome Array
芯片介绍：Affymetrix 斑马鱼基因组芯片覆盖超过4,900个转录本。序列信息来源于 RefSeq (July 2003), GenBank­ (release -36.0, June 2003), dbEST (July 2003) 以及UniGene (Build 54, June 2003).。

果蝇表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Drosophila Genome 2.0 Array
芯片介绍：Affymetrix果蝇基因组芯片2.0可用于研究黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）基因组表达。该款芯片包含18,880个探针组，可用于分析超过18,500个转录本。

线虫表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix C. elegans Genome Array
芯片介绍：线虫（Caenorhabditis elegans）是用于发育，生殖和衰老相关研究的zei佳模式生物之一。该款全基因组芯片涵盖了22,500个转录本。

疟原虫/疟蚊表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Plasmodium/Anopheles Genome Array
芯片介绍：Affymetrix 疟原虫/疟蚊基因组芯片包含超过4,300 个疟原虫（Plasmodium）转录本和14,900个疟蚊（Anopheles gambiae）转录本。序列信息来源于PlasmodB (version 4.1, June 2003)、GenBank、dbEST和 Ensembl (Build 2, 2003)。

水稻表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Rice Genome Array
芯片介绍：Affymetrix 水稻基因组芯片覆盖约51,279个转录本，代表两种水稻品系，大约48,564 个japonica转录本和1,260个indica 转录。序列信息来源于 NCBI UniGene Build #52, (May 7, 2004)，GenBank，TIGR Os1 v2 data set. (ftp.tigr.org FASTA, 89.3 MB)。

拟南芥表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Arabidopsis ATH1 Genome Array
芯片介绍：拟南芥是用于高等植物研究首选的模式生物之一。Affymetrix拟南芥ATH1基因组芯片包含有22,500个探针组，代表了24,000个基因。芯片信息基于2000年12月完成的国际拟南芥测序计划。

大麦表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Barley Genome Array
芯片介绍：Affymetrix大麦基因组芯片芯片信息来自NCBI/GenBank数据库，包含大约400,000条大麦EST。

小麦表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Wheat Genome Array
芯片介绍：Affymetrix 小麦基因组芯片包含61,127个探针组，代表55,052个转录本。序列信息来源于 Triticum aestivum UniGene Build #38 (build date April 24, 2004), ESTs (T. monococcum,
T. turgidum, Aegilops tauschii)以及GenBank® full-length mRNAs (May 18, 2004).

西红柿表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Tomato Genome Array
芯片介绍：西红柿是重要的经济作物。Affymetrix西红柿基因组芯片可用于检测西红柿（Lycopersicon esculentum）的基因表达情况。该款芯片包含超过10,000个探针组，涵盖了9,200个转录本。序列信息来源于 Lycopersicon esculentum UniGene Build #20 (October 3, 2004) 以及 GenBank® mRNAs(November 5, 2004)。

玉米表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Maize Genome Array
芯片介绍：玉米是重要的经济作物。涵盖了14,850个转录本，Affymetrix玉米基因组芯片包含的信息涵盖了NCBI的UniGene数据库中100种玉米品系，如zei具代表性的品系B73，Ohio43，W22，W23，W64A以及Black Mexican Sweet等。该款芯片包含17,555个探针组，覆盖14,850个转录本，代表了13,339条基因。

棉花表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Cotton Genome Array
芯片介绍：Affymetrix 棉花基因组芯片包含23,977个探针组，代表了21,854个棉花转录本，序列信息来源于 GenBank，dbEST，RefSeq，Gossypium hirsutum UniGene database，Gossypium raimondii UniGene database 等数据库。

大豆表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Soybean Genome Array
芯片介绍：Affymetirx 大豆基因组芯片覆盖37,500 个大豆 (Glycine max)转录本，同时还可检测两种重要的大豆病原体，包含15,800个大豆疫霉属（Phytophthora sojae）和7,500个大豆孢囊线虫（Heterodera glycines）转录本。

杨树表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Poplar Genome Array
芯片介绍：Affymetrix杨树基因组芯片包含超过61,000个探针组，代表了超过56,000个转录本和预测基因。序列信息来源于UniGene Build #6 (March 16, 2005) ，GenBank( April 26, 2005)。

甘蔗表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Sugar Cane Genome Array
芯片介绍：Affymetrix甘蔗基因组芯片可用于检测甘蔗（Saccharum officinarum）的基因组表达情况。该款芯片包括8,236个甘蔗探针组，覆盖6,024条甘蔗基因。

葡萄表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Vitis vinifera (Grape) Genome Array
芯片介绍：Affymetrix葡萄基因组芯片覆盖14,000 个V. vinifera转录本和1,700个其它葡萄品系。

苜蓿表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Medicago Genome Array
芯片介绍：包含转录本为48,116个（M.truncatula）、1,850个（M. sativa）和8,226个（S. meliloti）
Affymetrix 苜蓿基因组芯片可用于检测M.truncatula、M. sativa、S. meliloti三个品系的苜蓿基因表达情况。该款芯片是农业科学研究者用于研究豆类基因组以及固氮细菌和植物之间共生关系的重要工具。该款芯片包含超过61,200个探针组，其中32,167个 M. truncatula EST/mRNA和叶绿体基因相关探针组，18,733个M. truncatula IMGAG和2/3 BAC预测探针组，1,896个 M. sativa EST/mRNA相关探针组以及8,305个 S. meliloti相关基因预测探针组。序列信息来自 TIGR、IMGAG等。

柑橘表达谱芯片服务
芯片推荐：Affymetrix GeneChip® Citrus Genome Array
芯片介绍：Affymetrix柑橘基因组芯片包含30,171个探针组，代表了33,879 个柑橘转录本。

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途