lncRNA测序介绍

lncRNA（long non-coding RNA）是一类长度超过200nt的ncRNA，通过多种方式在表观遗传、转录及转录后水平发挥调控作用。转录组测序在研究mRNA的同时，能够发现大量的lncRNA，并对其表达水平和转录本结构进行分析。当进一步开展lncRNA与mRNA的关联分析时，就可以深入研究lncRNA的调控网络。

伯豪优势

1. 样本处理：超过200种样本的RNA抽提经验；易降解样本、微量样本的抽提解决方案；

2. 文库构建：兼容组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等特殊样本的建库能力；

3. 质控管理：ISO9001认证，Illumina CSPro认证；

4. 数据分析：学术界权威的算法和流程；针对lncRNA功能的生物信息学预测和数据库注释；灵活的定制分析；

5. 项目成果：协助客户发在Cancer Cell、Nat Cell Biol、Nat Commun、Nucleic Acids Res等期刊发表多篇高水平论文，影响因子23.214。

技术参数

1. 样本类型：total RNA、组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等；

2. 建库起始量：total RNA >=2 μg（低至100ng）；浓度>=50 ng/ul；

3. 测序模式：Illumina HiSeq PE150；

4. 推荐数据量：>=10 Gb/样本。

服务流程

实验设计——样本取材——RNA抽提——rRNA去除——文库构建——测序——数据分析

数据分析

流程图

 数据分析内容列表

案例展示

案例一

肝癌细胞（HCC）经常侵入门静脉系统并且发展成为门静脉肿瘤血栓（PVTT）。长脸非编码RNA是一类不能够编码蛋白质，并且长度大于200bp的具有生物学功能的RNA。有研究报道，其对肝癌发生具有重要影响。但是其具体的关联却并还没有详细的研究。上海伯豪协助清华大学、上海东方肝胆医院研究人员，通过对20个病人的60个临床样本进行RNA-Seq鉴定到了8603个可能的lncRNA。其中917个lncRNA在TCGA数据库以及发表的肝癌数据库中有关联，235个lncRNA存在CNVs和DNA甲基化变化。很多与lncRNA共表达的基因富集在细胞粘着、免疫反应以及代谢过程等通路上。HAND2-AS1还通过RNAi的敲降进行了部分功能研究。因此，可以说研究人员对lncRNA在肝癌的肿瘤发生与转移过程中提供了有用的资源。
原文出处：Yang Y, Chen L, Gu J, et al. Recurrently deregulated lncRNAs in hepatocellular carcinoma. Nat Commun. 2017, 8:14421.

案例二

上海伯豪协助第二军医大学揭示lncRNA-PXN-AS1在肝癌中的作用。在本篇论文中，研究人员却发现，来源于同一个基因的两条lncRNA（PXN-AS1-L以及PXN-AS1-S）虽然只有一个外显子的区别，但是却能够对其靶基因PXN具有相反的调控作用。并且，PXN同时还是PXN-AS1-L以及PXN-AS1-S反义链上转录的重要肿瘤相关基因。对PXN-AS1-L和PXN-AS1-S在SMMC-7721细胞系中的过表达发现，PXN-AS1-L过表达可以导致PXN表达量上升。然而，令人意想不到的是，PXN-AS1-S过表达却导致了PXN表达量下降。通过对这两个lncRNA的深入分析，研究人员发现PXN-AS1-L是通过结合PXN mRNA的3‘ UTR，保护了PXN mRNA不受miR-24-AGO2复合物降解，从而提高了PXN的表达丰度。与PXN-AS1-L不一样的是，PXN-AS1-S则通过结合PXN mRNA的CDS区域，抑制了PXN mRNA的翻译延升，从而抑制PXN蛋白在体内的含量。MBNL3则是通过诱导lncRNA-PXN-AS1的4号外显子表达，间接的增加PXN的表达丰度。
原文出处：Yuan JH, Liu XN, Wang TT, et al. The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1. Nat Cell Biol. 2017, 19(7):820-832.

案例三

上海伯豪携手上海大学对玉米籽粒发育重要转录因子Opaque2进行下游靶标的深入研究。玉米籽粒Opaque2是一个在玉米籽粒发育与营养代谢中起到关键作用的bZIP类转录因子，然而除了少数靶标之外，Opaque2具体的调控机制还不清楚。该研究中，研究人员通过上海伯豪真核生物全转录组/lncRNA测序服务以及ChIP-seq实验对Opaque2基因的调控模式与下游基因进行了全转录组和基因组范围的研究。研究发现，部分lncRNA在opaque2突变体中表达量发生变化，Opaque2基因对这些差异的lncRNA存在着间接的调控关系。
原文出处：Li C, Qiao Z, Qi W, et al. Genome-wide characterization of cis-acting DNA targets reveals the transcriptional regulatory framework of opaque2 in maize. Plant Cell. 2015, 27(3):532-45.

服务介绍

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它们不编码蛋白，但参与细胞内多种过程调控。近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记，染色质修饰，转录激活等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。

lncRNA的高通量研究方法，主要是微阵列和新一代高通量测序。它们在大规模发现lncRNA和探索lncRNA的功能中得到了广泛的应用。

上海伯豪向广大用户提供lncRNA测序服务，使用高通量测序技术结合生物信息学分析，一次性获得样本中lncRNAs信息，为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。

技术路线：

样品要求（RNA） 

1) 样品纯度：OD 260/280值应在1.9～2.2 之间，RNA 28S:18S≥1.5推荐 RIN≥7；DNA 应该去除干净。
2) 样品浓度：最低浓度不低于50ng/µl。
3) 样品总量：每个样品总量不少于6µg。
4) 样品溶剂：要溶解在H20或TE (pH 8.0)中。
5) 样品运输： RNA用冻存管保存，并用干冰或液氮运输。

lncRNA测序数据分析

1. 数据分析流程

2. 标准信息分析
1) 原始数据预处理：去除接头污染、低质量序列得到clean data，去除核糖体RNA数据，数据产出统计及测序数据质量评估；
2) 基因组mapping，转录本组装；
3) 鉴定已知lncRNA（采用NONCODERv3、lncrnadb、Ensembl、NCBI、UCSC等多个lncRNA数据库的集合或者自定义数据库）；
4) 预测新的lncRNA（PhyloCSF预测算法与CPC预测算法）；
5) lncRNA定量及差异分析（差异分析需2个或2个样品以上）；
6) 差异lncRNA靶基因预测（采用同源比对及RNAplex能量计算确定靶基因）；
7) 差异lncRNA靶基因的GO analysis；
8) 差异lncRNA靶基因的pathway analysis。

3. 定制化信息分析
1) 差异lncRNA与mRNA共表达分析；
2) 结合客户的需求，协商定制其它定制化信息分析内容。

高级分析内容

• 趋势显著性分析

• 功能层次网络构建 (GO-network)

• 信号通路调控网络构建 (pathway-network)

• 基因相互作用网络图

• 转录因子分析及网络构建

• 时间序列的共表达网络

• 分子建模预测 (MAKER预测)

• 差异lncRNA与靶基因网络构建

• lncRNA与mRNA共表达分析

• lncRNA序列与结构保守性分析

• lncRNA保守二级结构预测

转录组-lncRNA测序信息由上海伯豪生物技术有限公司为您提供，如您想了解更多关于转录组-lncRNA测序报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途