高通量SNP分型介绍

对于人类研究来说，有多款全基因组SNP芯片用于全基因组多态性位点扫描，多用于全基因组关联分析、家系连锁分析、群体进化分析等队列应用。部分芯片也收录了疾病数据库和药物代谢数据库的一些位点，可以支持单个个体的易感位点筛查。相对于NGS测序的方法，SNP芯片价格低、速度快、质量稳定。

对于动植物研究来说，全基因组SNP芯片主要应用于全基因组关联分析、家系遗传图谱构建、群体进化分析等领域。SNP芯片仍具有NGS测序无法取代的优势，主要表现在以下几方面：（1）SNP芯片对于多倍体的分型支持远好于NGS测序；（2）SNP芯片的位点固定，在GWAS研究后期的育种转化应用中，SNP芯片易于标准化；（3）相对于NGS测序，SNP芯片分型结果稳定、分型速度快、结果易于分析。
目前，SNP芯片按不同平台可以分为基于Affymetrix GeneChip® 芯片平台、Affymetrix GeneTitan®芯片平台和Illumina 光纤微珠芯片平台的三大类SNP芯片。产品应用可分为人类SNP芯片和动植物育种SNP芯片。

中低通量SNP分型介绍

Fluidigm高通量基因分析系统（Biomark™ HD系统）是集成了流体通路（Integrated Fluidic Circuit，IFC）技术、实时定量PCR技术及强大的基因分析软件的技术平台，可实现高效准确地实时PCR扩增、检测。

Biomark™ HD系统配套的检测芯片有如下几种格式，满足不同SNP位点和样本数的研究需求，分别为12*12（12样本*12位点），48*48（48样本*48位点），96*96（96样本*96位点），192*24（192样本*24位点）。

Fluidigm的SNP检测技术基于荧光读取判断，每孔采用双色荧光检测单个样本中一个位点可能的两种基因型，不同的SNP模板对应不同的荧光产物。

1. 准确度：基因分型的准确率>99%；

2. 特异性： Fluidigm采用其特有KASP的通用荧光引物设计，为24-26bp，比传统的Taqman特异性更高，SNP call rate更可达到99.9%；

3. 成本低：KASP的非荧光标记引物保质期长，利于大量采购和保存；

4. 通量高：一次芯片最多可进行9216个反应；

5. 灵活性：可选择已有芯片或定制新芯片。

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途