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甲基化分析

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DNA甲基化是一种表观遗传修饰,它是由DNA甲基转移酶(DNA methyl-transferase, Dnmt)催化S-腺苷甲硫氨酸作为甲基供体,将胞嘧***转变为5-甲基胞嘧***(mC)的一种反应,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧***是唯一存在的化学性修饰碱基。CG二核苷酸是zei主要的甲基化位点,它在基因组中呈不均匀分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的区域,在哺乳动物中mC约占C总量的2-7%。一般说来,DNA的甲基化会抑制基因的表达。DNA的甲基化对维持染色体的结构、X染色体的失活、基因印记和肿瘤的发生发展都起重要的作用。
我们利用重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧***脱氨基转变成尿嘧***,而在适当的实验条件下甲基化的胞嘧***保持不变,再进行PCR扩增,甲基化的位点可以被当作一个C/T的SNP来处理;可利用直接测序法来判断是否CpG位点发生甲基化。

 

实验原理

    DNA甲基化存在于大多数真核生物中,一般发生在CpG双核苷酸中胞嘧***的5’UTR区,起调控作用。CpG的胞嘧***大概有80%被甲基化,20%处于基因调控区的CpG岛中。BSP甲基化测序(Bisulfite Genomic Sequencing PCR)的原理通过对基因组DNA进行重亚硫酸盐处理,非甲基化的胞嘧***被脱氨基而转变成尿嘧***,在随后的PCR反应中尿嘧***转变成胸腺嘧***,而甲基化的胞嘧***不能被脱氨基,在反应完成时被保留,我们将扩增得到的PCR产物进行TA克隆测序,就可以分析甲基化发生的具体情况。该方法实验结果准确性高,是甲基化检测的金标准。

实验流程



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