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工商注册信息已核实!参考报价: | ¥19000 RMB(人民币) | 型号: | Hiseq2000;Gall |
品牌: | 阿趣生物 | 产地: | 上海 |
关注度: | 707 | 信息完整度: | |
样本: | 典型用户: | 暂无 |
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DNA甲基化对生命活动非常重要,是基因调控的手段之一(即通过对位于启动子及第一外显子区的CpG岛的甲基化而抑制基因的表达),它在维持细胞正常功能、传递基因组印记、胚胎发育、肿瘤发生等方面起着至关重要的作用,更是表观遗传学研究的热点。对于DNA甲基化的检测,目前采用甲基化DNA富集并结合高通量测序(MBD-Seq, Methylated DNA Binding Domain-Sequencing)的方法。由于在哺乳动物中甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上,所以可通过特异性结合甲基化DNA的蛋白MBD2b或5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段,并结合第二代高通量测序,对富集到的DNA片段进行测序,从而检测全基因组范围内的甲基化位点。
一、技术路线和方法:
二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
分析模块01:测序数据预处理
分析模块02:序列比对与序列富集区域(peak)的预测
分析模块03:peak的基因组注释与分布
分析模块04:甲基化GC含量比率
分析模块05:差异peak筛选(DMR,Differentially methylated region)
分析模块06:差异peak对应基因的GO分类
分析模块07:差异peak对应基因的pathway分析
分析模块08:差异peak对应基因的互作网络构建
2.2 高级数据分析
分析模块09:转录因子预测分析
扫描CpG岛区域的转录因子结合位点。因为一般情况下甲基化会使转录因子与DNA的结合力下降,导致基因转录水平的降低。因此转录因子的分析可以解释甲基化导致转录抑制的机理。
三、测序平台
Illumina平台 | 测序平台 | 模式 | 数据量 | 一个lane样品数 | 货号 |
MBD-seq | Hiseq2000 | 1×50 | 3-4M reads | 12 | BT2000311 |
MBD-seq | Hiseq2000 | 1×50 | 20-30M reads | 2 | BT2000312 |
MBD-seq | GAII | 1×60 | 8Mreads | 4 | BT2000313 |
四、完成时间
3个月,(其中生物信息分析1个月)
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注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途