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代谢组学两种常见图形制作分享

发布时间: 2021-04-02 10:27 来源:上海百趣生物医学科技有限公司

1.韦恩图制作

分析网站链接:http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

首先,进行网站,导入下图箭头所指相关案例数据。




上图箭头所指均可自由编辑哦,这里显示输入了6组不同数据集(网站目前上限数据集为6组哦~)。友情提醒,如果是代谢组学数据,那一般只需导入代谢物质名称或编号就可以啦。



韦恩分析结果展示如上图(左),如需调出右图中的单组对应信息内容,则鼠标左键点击选中相应数字即可,你说方不方便~



当然,如果只要三组数据集的韦恩图展示,那么,我们只需输入三个对应的list数据集就可以啦~,这不香嘛~



接下来,还可对图形进一步调整展示。比如:图形展现形式、图形字体类型、大小等,根据需求灵活调整就可以了。


 

最后,调试好分析出来的图形和表格结果进行本地下载保存,可千万别忘了哦~

 

Tips:如果需要展示的数据集超过6组的话,咋办?给大家推荐一个数据集合可视化神包—UpSetR,感兴趣的小伙伴们可自行搜索查询~


2.箱线图制作


分析代码包:ggplot2 & ggpubr

以iris数据集为例,首先在Rstudio里载入ggplot2和ggpubr两个包(相关包安装教程可参考:http://www.bioconductor.org/install/),同时查看下iris数据集的表头信息,这里选取"Sepal.Length"作为关注变量来绘制不同组间箱线图含量表达展示。



首先,绘制两组间的箱线图结果,如下图:




如果需要在图中显示不同的样本散点和横纵坐标标题,则代码添加如下:




 

有时需要在两组间添加检验计算的p值,这里以T检验为例,则只需添加计算函数stat_compare_means(method = "t.test")




当然,如果要把T检验的方法调整成秩和检验,则





 

倘若需做三组(或三组以上)箱线图展示,同时加上Kruskal-Wallis多组检验结果及post-hoc两两比较结果,则





最后,每组的分组颜色如果要自由定义设置,那么代码调整如下:








如需代码可以在文末或后台留言:姓名+单位+手机+邮箱+代码
如有其它问题也可在下方直接留言,看完觉得不错记得点赞哦,也欢迎大家转给需要的小伙伴们!
 


标签:代谢组学 图形制作
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