可进行多种分析的肿瘤平台

Oncomine® 肿瘤整体解决方案 ——可进行多种分析的肿瘤平台      

      近些年，随着临床肿瘤靶点的不断增多，对肿瘤研究和临床应用的挑战也在不断增大，特别是对样本、成本、操作、软件、报告等多方因素的处理更为迫切。北京博奥晶典生物技术有限公司 与life Technology共同合作推出的Oncomine® 肿瘤整体解决方案将为您奉上肿瘤研究和临床应用中优选的多基因多样本检测技术，最前沿的分子诊断技术平台和最权威的肿瘤基因组数据库，为您开启肿瘤分析的新***！ 
 

•   样本起始量低——低至10ng
•   样本类型：特别针对临床的FFPE等样本
•   生产周期短——3工作日
•   基于FDA，NCCN，临床实验数据权威靶点
•   并行分析单一样本的DNA与RNA
•   3’ 5’不平衡扩增可发现未知融合
•   全球权威的馆藏肿瘤基因组数据库

Oncomine® OCP Knowledgebase功能强大的数据库

    是全球最权威的馆藏肿瘤基因组数据库,资料收集来自各种公共资源、同行评审文献以及公开发表的临床试验，最终产生进行临床指导的报告。 

 

 
世界范围权威肿瘤数据集集合
•   拥有699数据集
•   80,000+样本（包含71,000+临床样本）
明确的突变信息结合诊断信息
•   其中12,000+样本有明确的突变信息,
•   22,000+样本有明确的诊断信息
数据来源
•   来源于公共数据库
•   文献报道、合作项目等 

Oncomine® 肿瘤解决方案系列143基因、52基因、26基因

Oncomine®肿瘤整体解决方案（OCP143）——临床诊断前到CDx的先驱者  

       现在已有超过900种药物和疫苗用于临床评估，因此对于通用性肿瘤生物标记检测平台的需求越发急迫。Oncomine肿瘤研究Panel（OCP143）正是一款即将应用于CDx的产品。这款靶向捕获的通用肿瘤Panel能够从143个基因中检测相关SNPs, CNVs, 融合基因和indels，从而为临床试验提供相关信息。

全面优化的解决方案

OCP143及其工作流主要基于Ion Torrent^TM二代测序平台和Ion AmpliSeq^TM文库构建技术，其特点如下：
１）   更少的样本需求量获得更多的信息：能够检测低至10ng来自于FFPE样品中的核酸
２）   能够在单一工作流中进行DNA和RNA重要的生物标记分析
３）   快速的生产周期（3个工作日）满足临床研究的需求
４）   143个高相关性基因在一个循环中，包含2500个以上的扩增子，170个生物标记和5个阳性对照基因 

实验流程

基因列表 

　OCP143涵盖基因的变化区域总结和可在OCP143数据库中获得的相关信息

研究案例 

Hovelson, D. H. et al. Development and Validation of a Scalable Next-Generation Sequencing System for Assessing Relevant Somatic Variants in Solid Tumors. Neoplasia , 2015 Apr, 17(4): 385–399. doi: 10.1016/j.neo.2015.03.004.

Oncomine®肿瘤整体解决方案（OCP143）研究案例

　　Hovelson D.H.et al.Development and Validation of a Scalable Next-Generation Sequencing System for Assessing Relevant Somatic Variants in Solid Tumors. Neoplasia , 2015 Apr, 17(4): 385–399. doi: 10.1016/j.neo.2015.03.004.

作者单位：密歇根大学
影响因子:  5.398

OCP设计背景

1. NCI Match Trial—依据病患的基因组图谱信息进行分类选择合适的临床测试方案。参与检测3000例临床样本

2. Oncomine数据库—包含了143个肿瘤相关基因，其中73个原癌基因，49个CNV变异基因，26个肿瘤抑制基因和22个有融合突变的基因。完全由Oncomine knowledge 支持变异位点的临床解析

   
   

结果展示 

OCP 检测性能总结

1. 需要极少量的样本 （20ng DNA和15ng RNA），4 h 完成DNA和RNA同时测序检验

2. 用已知有398种突变的panel进行性能验证显示，365种SNV检测出364个，检出率高达99.7%，33种indel检出25个，检出率达75.8%
3. 三组FFPE样本进行性能验证，104个有常规分子诊断消息，101肺癌样本，106个前列腺癌样本，其中1/3的样本超过3年储存期 
4. 所有含有EGFR，BRAF的突变都100%灵敏度和特异性被检出，而RNA panel，100%检出T2：ERG fusions，6/7检出ALK，另检出2个fusions 

Oncomine®肿瘤精准检验方案（OCP52）            

　　Ion Torrent^TM Oncomine^TM Focus Assay是一种多重生物标记二代测序检验技术，它能够检测实体肿瘤中的52种基因变化，能够并行分析单一样本的DNA与RNA并检测出变体的多重类型，包括热点基因，SNVs, indels，CNVs 和基因融合。

 
应用Ion PGM^TM系统和独一无二的低样本起始量需求的Ion AmpliSeq^TM技术，能够获得高准确性和高重复性的大量实体肿瘤测序分析。相比于过去在数周内产生实验结果，该技术只需数天即可获得检测结果。

全面优化的解决方案

　　 Oncomine Focus Assay的应用主要是基于Ion PGMTM二代测序平台、强大的lon AmpliSeqTM技术和OncomineTM数据库，并用于转化和临床研究，其特点如下：
•   分析基于目前肿瘤药物和公开出版物的来自52个实体肿瘤基因中的1000多个生物标记
•   能够在单一工作流中进行DNA和RNA的相关热点基因，SNVs, indels, CNVs 和基因融合检测
•   多种取样方式，包括针式穿刺取样和低至2-3片FFPE样本取样，从而产生更多的二代测序变化结果
•   快速的生产周期（3个工作日，6个样品/run）能够满足临床研究的需求
 

实验流程 

基因列表

Oncomine Focus Assay中涵盖基因的变化区域总结和可在Oncomine Knowledgebase Reporter中获得的相关信息。 

Oncomine®肿瘤精准检验方案（OCP26）——专用于肺癌和结肠癌分子诊断

　　来自于OncoNetwork Consortium 的顶级临床医生帮助我们设计了这两款专用于结肠癌和肺癌分子诊断的试剂盒。这两款试剂盒使用客户可以直接从实体肿瘤样本，获得精确、可靠的DNA及RNA分析结果。

相对于其他分子诊断学检测方法（如qPCR、FISH 或Sanger测序），二代测序（NGS）可以在单次检测过程中评估更多的基因和融合转录本。oncomine^TM实体肿瘤试剂盒既可以通过更多的福尔马林固定，石蜡包埋的样品进行更高通量的多重分析，同时又可提供临床决策必需的质量性能和可信度。 

实验流程

两种试剂盒的特点 

研究案例 

　　Tops, B.B. et al. Development of a semi-conductor sequencing- based panel for genotyping of colon and lung cancer by the Onconetwork consortium. BMC Cancer, 2015 Jan 31,15:26. doi: 10.1186/s12885-015-1015-5.

Malapelle, U. et al. Ion Torrent next-generation sequencing for routine identification of clinically relevant mutations
in colorectal cancer patients. J Clin Pathol. 2015 Jan, 68(1): 64-8. doi: 10.1136/jclinpath-2014-202691. Epub 2014 Nov 5.

Oncomine®肿瘤整体解决方案（OCP143）研究案例

　　Hovelson D.H.et al.Development and Validation of a Scalable Next-Generation Sequencing System for Assessing Relevant Somatic Variants in Solid Tumors. Neoplasia , 2015 Apr, 17(4): 385–399. doi: 10.1016/j.neo.2015.03.004.

作者单位：密歇根大学
影响因子:  5.398

OCP设计背景

1. NCI Match Trial—依据病患的基因组图谱信息进行分类选择合适的临床测试方案。参与检测3000例临床样本

2. Oncomine数据库—包含了143个肿瘤相关基因，其中73个原癌基因，49个CNV变异基因，26个肿瘤抑制基因和22个有融合突变的基因。完全由Oncomine knowledge 支持变异位点的临床解析

结果展示

OCP 检测性能总结 

1.需要极少量的样本 （20ng DNA和15ng RNA），4 h 完成DNA和RNA同时测序检验

2. 用已知有398种突变的panel进行性能验证显示，365种SNV检测出364个，检出率高达99.7%，33种indel检出25个，检出率达75.8%

3. 三组FFPE样本进行性能验证，104个有常规分子诊断消息，101肺癌样本，106个前列腺癌样本，其中1/3的样本超过3年储存期 

4. 所有含有EGFR，BRAF的突变都100%灵敏度和特异性被检出，而RNA panel，100%检出T2：ERG fusions，6/7检出ALK，另检出2个fusions

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途