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Affymetrix mRNA表达谱芯片服务

参考报价: 面议 型号: Affymetrix mRNA表达谱芯片服务
品牌: 博奥晶典 产地: 北京
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Affymetrix mRNA表达谱芯片检测

简介
    Affymetrix公司基因表达谱芯片覆盖物种广泛,在真核生物表达谱检测芯片方面产品种类最为齐全。Affymetrix表达谱芯片采用短探针(通常25mer长度),多位点设计(对一个基因转录本,设计多个探针,综合起来评价检测信号。

 

探针设计

  对于大部分表达谱检测芯片,采用PM-MM探针方案采集错配探针信号,进行检测背景校正。按照探针设计选择区域主要分为以下三个大类:


  3’端表达谱芯片(3’ Expression Arrays):主要针对基因3’末端上游约600bp的序列设计约11组PM-MM探针,这些探针检测到的信号值与靶标序列的表达水平存在线性关系。这类芯片包括人U133 plus2.0;小鼠430 2.0;大鼠230 2.0等多个物种的经典产品。


  全转录组分析芯片:采用随机引物法扩增靶标序列,因此其探针设计区域无需局限于3’末端,对于原核生物针对开放读码框来设计探针,对于真核生物针对基因的外显子设计探针,因此可以用于全转录本表达谱和可变剪接的分析。这类芯片包括外显子芯片(Exon 1.0 ST,ST是”Sense Target”的缩写,表示检测正义链核酸)和基因芯片(Gene 1.0 ST),目前已经推出的Exon 1.0 ST和Gene 1.0 ST芯片包括人、小鼠、大鼠三个物种,Gene 1.0 ST是Exon 1.0 ST简化版本,着重于注释完善的基因组区域,Exon 1.0 ST还包括预测性外显子序列。

  Tiling芯片(Tiling Array):根据基因组DNA序列设计探针,如人Tiling芯片,每35bp设计一个25mer探针,间隔10bp。主要用于全转录组分析;转录因子结合位点分析;染色体复制起始位置分析等检测目的。

  下图为三种芯片探针设计选择区域示意图:

      

检测原理

  对Exon/Gene芯片和3'表达谱芯片,Affymetrix采用不同的检测流程,图示如下:         

技术特点

  我们以人类基因表达检测的3种常用芯片为例说明各自技术特点,见下表:

分类芯片种类检测特点参数描述
3’端表达谱芯片Human U133 Plus 2.0已被广泛使用,并有大量发表的文献,易于比较分析~47,000个转录本,11对探针/转录本,检测方法基于3’端扩增原理,芯片检测反义链
全转录组芯片HumanGene 1.0 ST更敏感和准确的分析结果,可以做到一个基因一个信号值,数据库相比3‘端表达谱更新针对从RefSeq、Ensembl以及GenBank假定完成转录本编码序列库中针对功能清楚的28,869个基因,平均25探针/基因,检测方法随机引物扩增全转录本,芯片检测正义链
HumanExon 1.0 ST可同时进行基因水平和外显子水平的检测,更精确的检测基因表达,还可以获得选择性剪接信息检测约1百万个外显子,4探针/外显子(约10%外显子由于长度等原因,探针少于4个),检测方法随机引物扩增全转录本,芯片检测正义链


产品列表

物种芯片类型产品编号产品名称基因/转录本数量
人(Homo sapiens)3’端表达谱AFF-900470人基因组U133 +2.0芯片38,500 个基因/ 47,000个转录本
外显子Exon 1.0 STAFF-900649人Exon 1.0ST芯片>1 million外显子
全转录本Gene 1.0 STAFF-901085人Gene 1.0ST芯片28,869 个基因
小鼠(Mus musculus)3’端表达谱AFF-900495小鼠基因组430 2.0芯片34,000个基因 / 39,000个转录本
外显子Exon 1.0 STAFF-900817小鼠Exon 1.0ST芯片~1 million外显子
全转录本Gene 1.0 STAFF-901168小鼠Gene1.0ST芯片28,853个基因
大鼠(Rattus norvegicus)3’端表达谱AFF-900505大鼠基因组230 2.0芯片28,000个基因 / 30,000个转录本
外显子Exon 1.0 STAFF-900820大鼠Exon 1.0ST芯片850,000外显子
全转录本Gene 1.0 STAFF-901172大鼠Gene 1.0ST芯片27,342 个基因
恒河猴(Macaca mulatta)3’端表达谱AFF-900655恒河猴基因组芯片47,000 个转录本
狗(Canis familiaris)3’端表达谱AFF-900725狗基因组芯片20,000预测基因和18,000家犬转录本
猪(Sus scrofa)3’端表达谱AFF-900623猪基因组芯片20,201个基因 / 23,256个转录本
牛(Bos taurus)3’端表达谱AFF-900561牛基因组芯片23,000个转录本
鸡(Gallus gallus)3’端表达谱AFF-900590鸡基因组芯片28,000个基因 /32,773个鸡转录本和684个鸟类病毒转录本
斑马鱼(Danio rerio)3’端表达谱AFF-900487斑马鱼基因组芯片~14,900个转录本
非洲爪蟾(Xenopus laevis)3’端表达谱AFF-901214非洲爪蟾基因组2.0芯片29,900 个转录本
热带爪蟾(Xenopus tropicalis)3’端表达谱AFF-901100热带爪蟾基因组芯片51,000 个转录本
果蝇(Drosophila melanogaster)3’端表达谱AFF-900531果蝇基因组2.0芯片~18,500 个转录本
疟原虫/疟蚊(Plasmodium falciparum-Anopheles gambiae)3’端表达谱AFF-900511疟原虫/疟蚊基因组芯片4,300 个疟原虫转录本/14,900个疟蚊转录本
秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)3’端表达谱AFF-900383线虫基因组芯片22,500 个转录本
拟南芥(Arabidopsis thaliana)3’端表达谱AFF-900385拟南芥ATH1基因组芯片24,000 个基因
水稻(Oryza sativa)3’端表达谱AFF-900599水稻基因组芯片48,564个 Japonica转录本;1,260个 Indica 转录本
小麦(Triticum aestivum)3’端表达谱AFF-900558小麦基因组芯片55,052 个转录本
玉米(Zea mays)3’端表达谱AFF-900614玉米基因组芯片13,339个基因;100种玉米品系的14,850个转录本
苜蓿(M. truncatula/ M. sativa/S. meliloti)3’端表达谱AFF-900734苜蓿基因组芯片48,116 (M. truncatula) / 1,850 (M. sativa) / 8,226 (S. meliloti)个转录本
白杨(Populus sp.)3’端表达谱AFF-900728白杨基因组芯片~56,000 转录本及预测基因
柑橘(Citrus sinensis)3’端表达谱AFF-900731柑橘基因组芯片30,171个基因和33,879个转录本
大豆(Glycine max)3’端表达谱AFF-900525大豆基因组芯片37,500 (大豆) /15,800 (大豆疫霉菌)/7,500 (大豆孢囊线虫)个转录本
大麦(Hordeum vulgare)3’端表达谱AFF-900515大麦基因组芯片400,000 EST
甘蔗(Saccharum officinarum)3’端表达谱AFF-900626甘蔗基因组芯片6,024个基因
番茄(Lycopersicon esculentum)3’端表达谱AFF-900737番茄基因组芯片9,200 个转录本
棉花(Gossypium spp.)3’端表达谱AFF-901000棉花基因组芯片21,854 个转录本
酿酒葡萄(Vitis vinifera)3’端表达谱AFF-900509酿酒葡萄表达谱芯片14,000 V. vinifera个转录本;1,700个其他葡萄属转录本
大肠杆菌(Escherichia coli)3’端表达谱AFF-900550大肠杆菌基因组 2.0 芯片20,366 个基因
酵母(Saccharomyces cerevisiae/ Schizosaccharomyces pombe)3’端表达谱AFF-900553酵母基因组 2.0 芯片5,841 (酿酒酵母) 和5,031 (裂殖酵母)个转录本
金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)3’端表达谱AFF-900514金黄色葡萄球菌基因组芯片3,300 ORF和 4,800 基因间区序列
枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)3’端表达谱AFF-900513枯草芽孢杆菌基因组芯片5,000个基因
绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)3’端表达谱AFF-900339绿脓杆菌基因组芯片5,549 ORFs


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