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Illumina SNP基因分型检测

参考报价: 面议 型号: Illumina SNP基因分型检测
品牌: 博奥晶典 产地: 北京
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AI问答
可以做哪些实验,检测什么? 可以用哪些耗材和试剂?

Illumina SNP基因分型检测

简介

  SNP(单核苷酸多态性)分析是目前研究基因功能,寻找与疾病相关的基因及其突变位点,进行遗传连锁分析的一种重要分析手段。Illumina SNP Genotyping采用微珠芯片技术(BeadArray), 可对全基因组或特定SNP位点进行分析,其检测质量可靠,得到业界所广泛认可。该平台也是HapMap计划(国际人类基因组单体型图计划)的主要技术平台,在HapMap第一阶段数据中,约70%都出自Illumina平台。Illumina SNP Genotyping平台分为Infinium和GoldenGate两大系列产品,均可提供预制和半定制以及定制的芯片。Infinium技术流程适合于多位点的中高通量(30万到500万个位点)的全基因组分型;GoldenGate技术流程适合于SNP位点较少的中低通量(96到3072个位点)基因组分型。

Infinium技术原理

  Illumina全基因组分型芯片采用Infinium技术,检测中采用全基因组扩增方式,无需PCR反应,不依赖限制性内切酶,SNP位点的选择上可以完全根据基因组情况来选择;gDNA样品在芯片杂交后通过等位基因特异性的单碱基延伸来完成,确保高质量的实验数据。Illumina Infinium基因分型技术包括全基因组SNP芯片和iSelect自定义全基因组SNP芯片。

   ill snp-in

1.准备500ng-750ng gDNA,利用NaOH变性。
2.将gDNA恒温过夜,进行基因组全扩增,该过程不会产生等位基因偏向性扩增。
3.扩增产物用随机内切酶酶切片断化。
4.乙醇沉淀DNA,重新悬浮。
5-6.杂交:将DNA片段与芯片进行杂交(准备芯片,在毛细管流通的小室进行杂交),芯片的微珠上连接有50-mers长度特异性捕获探针,gDNA酶切后产物与探针互补序列结合,杂交过夜。
7.单碱基延伸:双色荧光染料标记的核苷酸底物(T和C)在捕获探针上进行单碱基延伸。只有与gDNA发生互补结合的探针才能得到延伸。
8.芯片清洗后进行扫描。
9.利用软件判读分型结果,SNP位点通过两种荧光颜色读取区分。

 

Infinium技术优势

独特的位点选择和设计:优先采用全世界公认的HapMap数据库中已经公布的TagSNP设计,具有更好的统计能力,可使研究者用尽可能少的样本发现SNP与疾病的相关性。

超高通量的密度:可检测30万-500万个SNP位点。

高质量的实验数据:无需PCR技术,不依赖限制性内切酶,在SNP位点的选择上可完全依据基因组情况来选择,芯片反应通过等位基因特异性延伸来完成,保证了高质量的实验数据。

完整的SNP和CNV分析方案:Illumina的GenomeStudio分析软件包提供了完整的拷贝数工具和Genome Viewer。

芯片形式灵活多样:通过在SNP位点通量和样本通量间取舍,可同时检测2,4或12个样本,增加样品通量。

应用广泛:Genotyping平台被大量用于肿瘤,心血管疾病,精神疾病,各种免疫性疾病等复杂疾病的研究,药物遗传学研究及病禽畜的育种研究。

定制灵活:可以根据位点数目以及样品数目,灵活的选择不同的芯片格式进行定制检测。

GoldenGate技术原理

  GoldenGate芯片技术是理想的中等通量基因分型检测的解决方案。GoldenGate检测芯片采用了特殊的设计:不同SNP位点的差异通过OPA探针组(oligonucleotide pool assay, OPA)的位点特异性延伸和连接而实现。GoldenGate芯片是一种tag芯片,芯片的微珠上仅带有地址序列而没有基因组的对应序列,杂交发生在地址序列和其互补序列进行间接杂交完成,而与基因组序列无关。目前GoldenGate芯片可以在单管内实现最高1536个位点多重检测。

       ill snp-gold

1.将gDNA和固相磁性小珠相连。

2.将待检测DNA样品加入预先根据SNP位点设计的探针组OPA(每组Oligo包括P1,P2,和P3)。

3.通过等位基因特异性延伸和连接酶连接得到一段包含该SNP位点的片断。同时该片断带有一段特殊设计的地址序列。

4-5.该片断进行通用引物PCR扩增,并荧光标记(Cy3,Cy5和纯化。

6.杂交:PCR产物上芯片进行杂交,芯片的微珠上连接有地址序列(Address)的互补序列,通过地址序列完成杂交。

7-8.芯片清洗和扫描芯片。

9.软件自动判读分型结果。

GoldenGate技术优势

实验成功率高:所有的地址序列都经过特殊设计,具有近似的杂交温度,退火温度以及CG含量稳定等特点,杂交效率很高,检测成功率一般>99%。

实验重复性高:基于微珠芯片以及GoldenGate检测独特的设计:每个SNP位点有30倍的微珠重复,杂交在地址序列间发生等特点,检测重复性>99.7%。

高度灵活:客户可根据需要检查的样本量和SNP位点数量来确定使用不同格式的芯片(universal-12,universal-16,universal-32,每张芯片进行12,16,32个样本的检测,可针对384,768或1536个SNP位点进行探针的设计。

实验过程全程质控:内参微珠,芯片中设计了几百个内参微珠对实验过程进行***,如:样品污染,延伸特异性等。GenomeStudio基因分型分析软件自动报告实验***结果。

芯片生产100%QC质控:微珠芯片生产过程中专利的解码技术,质控能深入到每张芯片上每个微珠每个特性,保证数据的可靠性和重复性。

高性价比:以平均较低的价格完成SNP位点的验证,方法经典可靠,人类HapMap计划大部分数据来自于该技术。

定制灵活:您只需提供位点信息,Illumina即可为您进行探针设计及成功率评分,非常适合位点数从几十到几千的中等通量基因分型研究。

产品列表

产品名称

Markers数目及位点选择

样本/芯片

HumanCytoSNP-12

30万个遗传标记,广泛覆盖pericentromeric区(基因组结构中迅速改变的区域)、亚端粒区和性染色体,特别还包括可检测400余个参与发育缺陷、智力迟钝和其他的结构性变化的基因相应探针

--

Human660w-Quad

大约65.8万个位点信息,其中55万TagSNP(HapMap数据库release 23)和10万个常见CNV marker。

4

HumanOmniExpress

超过70万个位点,HapMap phase1-3(MAF>5%)

12

HumanOmni1-Quad

超过113万个markers,1000 Genomes Project Piolt 和HapMap phase 1-3(MAF ≥ 5%)

4

HumanOmni1S

超过100万个markers,1000 Genomes Project Piolt(MAF>2.5%)

--

HumanOmni2.5

约250万个markers,1000 Genomes Project Piolt(MAF>2.5%)和HapMap1-3

4

HumanOmni2.5S

约250万个markers,1 kGP Full Project(MAF≥1%)

--

HumanOmni5

约500万个markers,HapMap phase 1-3和1kGP Full Project(MAF≥1%)

--

Human1M-duo

120万左右个markers,增加了疾病相关的SNP位点,灵活的选择一些基因组编码区高密度的SNP位点。

2

HumanExon 510S-Duo

约51万个tag SNP,其中33万偏重于基因中央的SNPs和nsSNPs,和新近报道的CNV区域,药物代谢有关的基因区域和MHC区域。

2

牛全基因组分型芯片服务BovineSNP50v2

54,609万个探针,平均间距为51.5kb,平均探针间距49.4kb,与USDA-ARS,University of Missouri和the University of Alberta合作开发

24

犬全基因组分型芯片服务CanineHD

17万个markers,每Mb平均多于70个标记物,与LUPA合作开发,信息来自于CanFam2.0参考序列

12

犬全基因组分型芯片服务CanineSNP20

22,362万个SNPs探针,每Mb平均有8个SNPs,与Board研究院iSelect项目合作,信息来源CanFam2.02完全组装

12

羊全基因组SNP分型芯片服务OvineSNP50

超过54,241个探针,平均每46kb有一个标记,作为国际羊基因组计划的一部分,与AgResearch,Baylor UCSC, CSIRO, 和 USDA合作开发。

12

猪全基因组SNP分型芯片服务PorcineSNP60

62,163万个探针,平均每40kb有一个标记,iSelect项目,与爱荷华州立大学,伊利诺斯大学,剑桥大学,瓦格宁根大学合作开发。

12

马全基因组SNP分型芯片服务EquineSNP50

54,602个SNP位点,平均43.2kb的探针间距覆盖31个常染色体,均一分布在15个品种马匹的全基因组序列上。iSelect项目,与国际Equine Genome Mapping Workshop 和the Morris Animal Foundation's Equine Genome Consortium合作开发。

12

玉米基因分型芯片服务MaizeSNP50

56,110个SNP探针,信息来源玉米B73系基因组序列,与TraitGenetics,The French Institute for Agricultural Research(INRA),和Syngenta合作开发。

24

癌症SNP芯片Cancer SNP Panel

超过400个肿瘤相关基因的1421个SNP位点,信息来源于美国国家癌症研究所Cancer Genome Anatomy Project SNP500 Cancer数据库。http://snp500cancer.nci.nih.gov/。可在Universal BeadChips或Universal Array Matrix上使用。

12,16,32 or 96

主要组织相容性研究芯片服务MHC Panel Set

2,360 个SNP位点,基因密度区域间隔 4Mb 的 SNP 标记,检测6号染色体短臂(p)160个基因,40%基因编码免疫系统蛋白。包括MHC Exon-Centric和MHC Mapping。

2╳96

人类连锁分析芯片HumanLinkage-V panel Set

>6000个SNP位点,两个SNP平均遗传间距0.64cM,物理间距482Kb,比STR具有更高的密度。可在Universal BeadChips或Universal Array Matrix上使用。

12,16,32 or 96

小鼠低密度连锁分析芯片Mouse LD Linkage Panel

377个位点,平均每27Mb区域覆盖4个SNP位点。适用于N2和F2代遗传杂交的小鼠,可进行QTL(quantitative trait loci)图谱定位。可在Universal BeadChips或Universal Array Matrix上使用。

12,16,32 or 96

小鼠中密度连锁分析芯片Mouse MD Linkage Panel

1,449个位点,平均每5Mb区域覆盖3个SNP位点。适用于绘制转基因动物,同类品系,基因敲除的动物和互交品系的遗传图谱。可在Universal BeadChips或Universal Array Matrix上使用。

12,16,32 or 96

DNA质控芯片(DNA test panel)

360 个SNP位点,用于在开展大位点实验之前对样品进行质控。

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Illumina SNP基因分型检测信息由博奥生物有限公司生物芯片北京国家工程研究中心为您提供,如您想了解更多关于Illumina SNP基因分型检测报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。

注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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