蛋白组学 iTRAQ TMT DIA PRM 质谱检测分析

我们的团队成员来自于复旦大学蛋白质组学中心、中科院上海生命科学研究院等院校机构，从2005年起就从事蛋白质组学及信息学研究。我们不仅可以为你提供先进的蛋白组学和代谢组学检测分析服务，更能够结合客户自身课题情况，为您提供严谨合理高性价比的组学研究解决方案。

服务特色：
1 诚心服务，保证质量：客户收到结果前，不收取任何费用。
2 用心服务：提供终身售后服务。任何问题，24小时内给出满意解决方案。
3 良心服务：拥有自建质谱平台，数十台先进质谱仪，最快10个工作日完成项目。
4 真心服务：15年经验团队，随时为您提供科学严谨，个性化高性价比的组学解决方案。

结果交付

1 完整详细的中英文实验报告（按照MCP格式要求）
2 定性、定量蛋白质结果统计表
3 样本质控报告
4 数据质控分析报告
5 结果统计学分析（PCA图，PLS-DA图，火山图，HCA图等）
6 生物信息学分析（GO功能注释、富集分析，KEGG通路注释、富集分析，KOG（COG）分析，STRING-DB蛋白相互作用网络）
7 后续实验建议

DIA技术

传统的蛋白质组学采用数据依赖采集DDA策略。DIA(Data independent acquisition) 技术融合了传统蛋白质组学“鸟枪法”(shotgun)和质谱绝对定量“金标准”选择反应监测/多反应监测（SRM/MRM）技术的优势和特点。在DIA分析中，指定质荷比（m/z）窗口内的所有肽段都经过碎裂；分析重复，直至质谱仪覆盖整个m/z范围。这实现了准确的肽段定量，而不限于分析预先定义的肽段。DIA技术具有全景式扫描、数据可回溯等优势。DIA质谱技术被Nature Methods杂志评为2015年最值得关注的技术。被称为“Next Generation Proteomics”（新一代蛋白质组学技术）。

DIA实验流程图

技术优势：

1、缺失值少，数据记录更为完整；

2、定量信息全面，定量准确性提升，CV值下降；

3、数据覆盖深度高，重复性好。

TMT (Tandem Mass Tag) 技术和 iTRAQ (Isobaric tag for relative and absolute quantitation)技术是一种间接定量技术，不同同位素标签对各个样品的多肽氨基基团进行特异性标记后，等量混合经串联质谱分析，得到的肽段谱图中各个样品的同位素标签作为差异基准进行定量计算。

iTRAQ/TMT实验流程图

技术优势：

1、平行性好，技术误差小，检测效率高

2、系统误差小，可同时比较2-11组样品的差异蛋白质表达。

3、适用于绝大多数类型，包括动物、植物、微生物、临床、体液或细胞等多种样本；

Label Free技术

非标记定量技术是测定两种或多种生物样本间蛋白质相对含量的方法，该技术基于母离子离子流峰面积，算法核心包括肽段检测，将多组LC-MS数据间相同的肽段进行匹配，选择差异肽段。高分辨质谱使得我们可以在MS1上提取肽段信号，从而把定量从定性过程中分离出来。和标记定量技术不同，每个生物样本要分别在一次非标记实验中测定。提取的肽段信号随后按各自的m/z坐标和保留时间映射到几个或多个LC-MS检测中。高分辨质谱对这个过程有极大的帮助，可以提高不同实验间交叉匹配肽段信号的确定性。在只有单个样品的时候该技术即对样品的蛋白组成进行定性分析。

Label Free实验流程图

技术优势：

1、不需要同位素标签试剂，实验耗费低；

2、操作步骤少，样本最接近原始状态；

3、所需样本量少，不受样品条件的限制。

PRM技术

PRM（平行反应监视，parallel reaction monitoring）是一种基于高分辨、高精度质谱的技术，能够对目标蛋白质、目标肽段进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/肽段进行绝对定量。
PRM包括初步筛选采用的无标肽的目标蛋白相对定量、标肽外标法绝对定量、重标肽内标法绝对定量。根据实验目的、需要验证的蛋白数量和样品数量可灵活选择不同的验证方式。

PRM实验流程图

技术优势：
1、质量精度达到ppm级，灵敏度高；
2、不依赖抗体，可以实现对目标蛋白质/肽段的绝对定量；
3、通量高，可以实现几十种以上不同蛋白质的同时靶向验证。

修饰蛋白质组学

PTMs在多种细胞过程，如细胞分裂、蛋白分解、信号转导、调控过程、基因表达调控和蛋白相互作用中起到关键作用。这些修饰包括磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化、脂化和蛋白水解，并影响细胞正常状态及病理过程中的方方面面。

PTM的种类非常繁多，而绝大多数修饰都必须经过富集才能够进行高通量检测。不同修饰类型的富集方法各不相同，目前我司专精于磷酸化与糖基化两种主要修饰的富集服务。

磷酸化修饰采用TiO2材料富集，目前可以达到95%以上的磷酸化比例，单次非标记定量检测可以实现2000-4000条磷酸化肽的检出。目前N糖分析已经可以实现高通量检测，O糖分析难度较高。

修饰蛋白质组学富集技术

技术优势：

1、通过高效富集，可以鉴定到大量修饰位点。

2、可与蛋白质组学、代谢组学进行多组学联合分析，阐述分子机制。

合作客户文章（部分）：

• In-depth proteomic profiling of left ventricular tissues in human end-stage dilated cardiomyopathy.
  Oncotarget 2017 IF=5 ITRAQ

• pGlyco 2.0 enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step mass spectrometry for intact glycopeptide identification.
  Nature Comm 2017 IF=13 GLYCO

• Molecular basis for blue light-dependent phosphorylation of Arabidopsis cryptochrome 2.
  Nature Comm 2017 IF=13 PHOSPHO

• VHL deficiency augments anthracycline sensitivity of clear cell renal cell carcinomas by down-regulating ALDH2.
  Nature Comm 2017 IF=13 SILAC

• Plasma Membrane CRPK1-Mediated Phosphorylation of 14-3-3 Proteins Induces Their Nuclear Import to Fine-Tune CBF Signaling during Cold Response.
  Molecular Cell 2017 IF=14 LFQ

• Interleukin-6 Induced “Acute” Phenotypic Microenvironment Promotes Th1 Anti-Tumor Immunity in Cryo-Thermal Therapy Revealed By Shotgun and Parallel Reaction Monitoring Proteomics
  Theranostics 2016 IF=8 ITRAQ+PRM

• Label-Free Quantitative Phosphoproteomic Analysis Reveals Differentially Regulated Proteins and Pathway in PRRSV-Infected Pulmonary Alveolar Macrophages.
  Journal of Proteome Res 2014 IF=5 LFQ

• Detergent-Insoluble Proteome Analysis Revealed Aberrantly Aggregated Proteins in Human Preeclampsia Placentas
  Journal of Proteome Res 2017 IF=5 DIA

• High throughput and accurate serum proteome profiling by integrated sample preparation technology and single-run data independent mass spectrometry analysis
  Journal of Proteome Res 2017 IF=5 DIA

• Propafenone suppresses esophageal cancer proliferation through inducing mitochondrial dysfunction
  Am J Cancer Res 2017 IF=4 DIA

  
  

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途