年底促销，蛋白质组学质谱检测，全场7折

技术选择：
依据样本数量和分组：
（1）10个样本以下：
以下情况下客户可选择采取Label-free进行定量蛋白组研究
客户预算不足；样本含量较少（样本内蛋白含量很低，单个样本蛋白含量低于200ug）或较难取材（如眼睑等）；宏蛋白组（样本为土壤、污水等）
总结：itraq/TMT采用多重同位素标签进行标记后，进行SCX分级后同时上机。因此无论是重复性、定量准确度、数据结果通量都优于Label free。以细胞样本为例，itraq/TMT所测得蛋白总数量约为Label free的120%。故除以上情况外建议客户采用itraq/TMT。
（2）10-18个样本
强烈建议客户选取itraq/TMT，当样本数量超过itraq/TMT的规格后，可进行多批次进行实验或进行混样处理。一般以样本的平行组数来决定批次数。
（3）20个样本以上
当客户样本数量超过20个时，此时无论是从结果或是费用方面强烈建议客户采用DIA来进行定量蛋白组学。具体理由可参考下文的DIA技术简介。

根据客户实验目的：

若客户需要了解不同组别间蛋白有或无的变化，此时由于itraq/TMT定量算法原因，itraq/TMT无法实现。此时，建议客户采取DIA或Label-free。

主要实验技术简介

定性检测：shotgun、LC-MS/MS; 蛋白质IP溶液/胶条鉴定

利用LC-MS/MS蛋白鉴定技术对SDS-PAGE 胶条样本或者IP、co-IP以及pull-down等纯化溶液样本进行蛋白鉴定，得到目标蛋白或与目标蛋白相互作用的一系列蛋白质。

蛋白质鉴定实验流程图

蛋白质全谱鉴定
蛋白质全谱鉴定，即鸟枪法（shotgun），是指对动植物组织、体液、细胞以及亚细胞结构进行整体水平的肽和蛋白质鉴定。蛋白鉴定是一种结合高效液相色谱和质谱的自下而上 （bottom-up）的蛋白质组学分析技术，其目的在于鉴定出尽可能多的肽和蛋白质分子。随着人类基因组测序完成，下一步工作是利用鸟枪法蛋白组学技术对所有预测的基因及其对应的蛋白产物进行验证和功能注释。

Label Free技术
非标记定量技术是测定两种或多种生物样本间蛋白质相对含量的方法，该技术基于母离子离子流峰面积，算法核心包括肽段检测，将多组LC-MS数据间相同的肽段进行匹配，选择差异肽段。高分辨质谱使得我们可以在MS1上提取肽段信号，从而把定量从定性过程中分离出来。和标记定量技术不同，每个生物样本要分别在一次非标记实验中测定。提取的肽段信号随后按各自的m/z坐标和保留时间映射到几个或多个LC-MS检测中。高分辨质谱对这个过程有极大的帮助，可以提高不同实验间交叉匹配肽段信号的确定性。在只有单个样品的时候该技术即对样品的蛋白组成进行定性分析。

Label Free实验流程图

  技术优势：
      1、不需要同位素标签试剂，实验耗费低；
      2、操作步骤少，样本最接近原始状态；
      3、所需样本量少，不受样品条件的限制。


TMT/iTRAQ技术
        TMT (Tandem Mass Tag) 技术和 iTRAQ (Isobaric tag for relative and absolute quantitation)技术是一种间接定量技术，不同同位素标签对各个样品的多肽氨基基团进行特异性标记后，等量混合经串联质谱分析，得到的肽段谱图中各个样品的同位素标签作为差异基准进行定量计算。

iTRAQ/TMT实验流程图

技术优势：
      1、平行性好，技术误差小，检测效率高
       2、系统误差小，可同时比较2-11组样品的差异蛋白质表达。
       3、适用于绝大多数类型，包括动物、植物、微生物、临床、体液或细胞等多种样本；


DIA
传统的蛋白质组学采用数据依赖采集DDA策略（包括shotgun、Label free、iTRAQ/TMT以及SILAC等）的采集模式为DDA（Data Dependent Acquisition）。在这种模式下，质谱根据离子化的肽段母离子的强度，依次选择N个（一般10-20）强度最大的离子进入串联质谱，进行进一步碎裂，然后经过与模板蛋白质数据库比较确认。这种方法无疑丢失了大量有用的肽段母离子信息。此外，经过二级碎裂的二级谱图，在后期使用软件鉴定中也仅有少量谱图得到解析（约30%-50%），大部分谱图依然得不到有效利用。由于质谱选择离子的随机性，造成鉴定的重复度较低。又由于空间电荷效应的存在，大大限制了分析的动态范围，一些重要的低丰度蛋白得不到解析。
DIA(Data independent acquisition) 技术融合了传统蛋白质组学“鸟枪法”(shotgun)和质谱绝对定量“金标准”选择反应监测/多反应监测（SRM/MRM）技术的优势和特点。在DIA分析中，指定质荷比（m/z）窗口内的所有肽段都经过碎裂；分析重复，直至质谱仪覆盖整个m/z范围。这实现了准确的肽段定量，而不限于分析预先定义的肽段。DIA技术具有全景式扫描、数据可回溯等优势。DIA质谱技术被Nature Methods杂志评为2015年最值得关注的技术。被称为“Next Generation Proteomics”（新一代蛋白质组学技术）。

• DIA实验流程

• DIA分析流程
  

• DIA分析流程
   

•  技术优势：

      1、重复性大幅度提升
           DIA的数据采集模式相比于常规非标定量DDA模式，有更少的缺失值，数据记录更为完整。
      2、DIA定量准确性更高
           定量方式由通过一级质谱信号定量，升级为由每个肽段通过多个二级质谱峰面积信号进行定量。定量信息更为全面，定量准确性提升，CV值下降
      3、实验操作简单，周期缩短
           与传统的iTRAQ/TMT/LFQ相比，通过构建DDA谱图库的模式，样本信息采集使用DIA模式，样本无需分馏分上机，极大缩短了每个样品的检测周期。
      4、基于Orbitrap的DIA技术的优势
           通常35,000-120,000分辨率采集，对复杂样品定性定量准确度高；
           质量轴长期稳定地保持在1 ppm，无需内标校正或频繁外标校正，数据更放心、通量更高；
           Amol (10-18 mol) 级的超高灵敏度，谱图质量高；
           12-20 Hz 的超快扫描速度，同时保持 amol 级的超高灵敏度；
           动态范围及线性范围达5个数量级以上；