Agilent还提供多类物种的表达谱芯片：
动物：兔、猪、斑马鱼、果蝇等            植物：水稻、玉米、拟南芥、烟草等           
微生物：大肠杆菌、酵母等

康成生物全基因组表达谱芯片主要实验流程
1. 样品RNA抽提：
a. 实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），使用Mini- Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA
b. 实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml），裂解后抽提RNA
2.  RNA质量检测：
a. 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度
b. 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性
c. 提供RNA QC报告
       注意：用于芯片检测的RNA样品，必须是高质量的，完整的，没有RNase污染（降解的样品不能用于标记和芯片检测），没有基因组污染。
3. cDNA/aRNA样品合成和标记
4. 标记效率质量检测：
      使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性
5. 芯片杂交：
      在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交
6. 图像采集和数据分析：
      使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算
7. 提供实验报告 包括详细的实验方法以及芯片实验数据和图表，以双色标记实验为例：
Scanning Image: Cy3、Cy5荧光扫描图像
Scatter Plot: 散点图，X轴为Control（Cy3）数据值，Y轴为Exp(Cy5)数据值，表示芯片上两通道数据总体分布集中趋势；
MA-plot: MA图，X轴为A值[log2(Exp)+log2(Control)]/2，代表点的整体信号强度，Y轴为M值log2(Exp)－log2(Control)表示点的两通道信号差，可由MA图观察芯片数据是否存在强度依赖的系统偏移以及信号差异点的比例
Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据
Normalized Ratio: 原始数据经过统计学方法标准化后的比值的对数，log2(Exp/ Control)
p –value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该基因在两样本间差异表达越显著
Significant Up & Down Regulated Gene List: 给出Fold Change>=2，p-value<0.05的基因列表

康成生物全基因组表达谱芯片数据常规分析
1. 统计学分析
对于每个实验组有三次以上生物学重复的实验设计，我们应用T检验筛选任意两个实验组之间差异表达的基因。方差分析（ANOVA）则用于从三个以上实验组筛选差异表达的基因。
2. 聚类分析
聚类分析根据样本表达谱的相似性将样本划分成不同的组别（见下图，Alizadeh, et al.）。常用的聚类方法有：Hierarchical(层次聚类)、K-means（K均值聚类）、SOM（自组织映设）、QT clustering。


3. GO分析
GO分析对差异表达基因的生物学功能进行注释，并筛选出在两个实验组之间具有显著差异GO条目（见下图）。GO条目从生物学过程（Biological Process），分子功能（Molecular Function）和亚细胞组分（Cellular Component）三个方面对基因的功能进行分类。

4. Pathway分析
Pathway分析可以筛选出在两个实验组之间具有显著差异的信号转导通路（见下图）。信号转导通路主要来自KEGG数据库。