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样品: | 小鼠 DC 细胞系 | 项目: | 蛋白质 |
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应用Orbitrap Fusion对TMT标记样本进行MS2 定量方法以及SPS MS3 定量方法的比较 |
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本次实验比较了最新高分辨质谱仪Orbitrap Fusion 使用MS2 定量方法以及SPS MS3 定量方法在定性与定量蛋白质数目以及定量结果之间的差异,在16h 的总检测时间内,MS2 定量方法一共鉴定了3022 个蛋白质,其中有2994个蛋白质有定量结果,SPS MS3 定量方法一共鉴定到了2788个蛋白质,其中有2612 个蛋白质有定量结果。从结果看,由于MS2 定量方法的扫描速度要略高于SPS MS3 定量模式的扫描速度,因而最终的结果显示前者可以鉴定并定量到更多的蛋白质,但是SPS MS3 定量方法可以鉴定并定量到更多低丰度的蛋白质,此外,由于MS2 定量方法容易受到基质干扰,定量差异偏小,结果不够准确。