Ion AmpliSeq自定义Panel：来一次说做就做的测序

　　虽然高通量新一代测序总体成本大幅下降，但想在二代测序平台上做出好的研究成果也并不便宜，尤其是在样本量大的时候。另外，如何解读海量测序数据的生物学意义也是一个很大的问题。可以说，基因组测序还远远没到想做就做的地步。

　　实际上大多数研究者并不需要全基因组序列，也很难解读这么大的数据集。与其像大海捞针一般寻找自己感兴趣的信息，许多研究者选择忽略与己无关的序列，只针对自己感兴趣的基因组区域进行测序。这种靶向测序策略能在控制成本的前提下，提高测序覆盖度，增强突变检测的灵敏度，还能够提高测序通量处理更多的样本。

　　这样的策略不仅受到了小型实验室的青睐，也被不少大型项目和机构采用，比如千人基因组计划、华大基因、Broad研究所和Wellcome Trust Sanger研究所等等。

　　一个成功的案例

　　去年七月，美国心脏病学会杂志 JACC(影响因子14)发表了华中科技大学同济医学院附属同济医院的一项重要成果。研究人员通过靶向测序发现，APOA5/A4/C3/A1基因簇的功能性变异会通过干扰MicroRNA 3201的结合效率，提高冠心病患者的甘油三酯水平，增加其病情的严重性。

　　近来的全基因组关联研究显示，APOA5/A4/C3/A1基因簇的多态性会影响甘油三酯水平和冠心病风险(CAD)。同济医院的研究人员对200例甘油三酯水平极高的患者，以及200例正常对照个体进行了重测序。然后他们在4,991名中国汉族人中对20个遗传学标签进行基因分型，并在917名早发冠心病患者和1,149名晚发冠心病患者中，研究了8个风险标签。

　　研究人员通过重测序鉴定到了一些新的潜在功能性位点。这些多态性位点对高甘油三酯血症有明显的累积效应。其中值得注意的是，rs2266788与甘油三酯水平、冠心病Gensini评分以及冠心病患者的血管损伤有很强的关联。进一步的功能研究显示，rs2266788 C等位基因干扰了MicroRNA 3201结合APOA5的效率，导致APOA5的mRNA半衰期延长，增加了它的表达水平。(原文：A Functional Variant in APOA5/A4/C3/A1 Gene Cluster Contributes to Elevated Triglycerides and Severity of CAD by Interfering With MicroRNA 3201 Binding Efficiency)

　　一次“任性”的测序

　　目前的靶向测序主要有两种方法，一种以PCR靶向富集为基础，另一种以杂交靶向富集为基础。同济大学这项研究采用的是基于PCR的靶向测序，研究中使用了Life Technologies(赛默飞世尔旗下)Ion AmpliSeq DNA自定义Panel的专利技术。

　　这种自定义Panel是一个可以对任何基因组进行靶向测序的“任性”工具，它与Ion半导体测序仪结合使用，可以经济地靶向用户感兴趣的任意基因组区域。用户通过简单的PCR反应就可以在短短3.5小时内获得靶向文库，从DNA样本到获得带有注释信息的变异结果只需要不到2天时间。

　　随心所欲的选择目标

　　顾名思义，自定义Panel能为使用者提供极大地自由。第一，你不再受到基因数的限制，既可以靶向单个基因，也可以靶向成千上万种基因。第二，由于每个引物池只需要10 ng DNA输入，你可以选择高度挑战性的DNA降解样本，比如福尔马林固定石蜡包埋的FFPE组织。

　　据介绍，Ion AmpliSeq自定义Panel的用户能够绝对灵活地选择目的基因，比如与特定疾病状态、生化通路或者育种性状有潜在联系的基因。这种Panel支持基于96孔板的自动化处理方案，能够快速进行需要大量样本的研究。

　　自由决定参照基因组

　　使用Ion AmpliSeq DNA自定义Panel，我们可以随心所欲地选择参照基因组。厂家提供有一系列预先导入的基因组供大家选择，目前包括了人、小鼠、奶牛、鸡、猪、绵羊、玉米、水稻、大豆、西红柿等基因组，并在不断添加新的物种序列。除此之外，你也可以上传自己想用的任何参照基因组，当然你的序列是受密码保护的。

　　简单灵活的引物设计

　　Ion AmpliSeq的靶向测序是通过超高多重PCR实现的。我们知道，从一般PCR到多重PCR，其设计难度会随之翻倍。可以说，引物设计是多重PCR的最大障碍。

　　Ion AmpliSeq依托独家专利技术对引物进行特殊处理，同时通过优化反应体系，突破了多重PCR的已知障碍。该技术沿袭了早期Applied Biosystems公司TaqMan?探针的优秀引物设计技术，能确保最高的靶向捕获效率和最稳定的均一性。

　　我们只需要使用在线引物设计工具Ion AmpliSeq Designer(www.ampliseq.com)，就能在几小时内得到针对目的基因的最佳引物设计，手动操作时间仅几分钟。

　　二代测序为几乎所有生物学领域带来了一场变革，在这场测序大潮的冲击下你动心过么?现在，靶向测序为你提供了一个更为经济的测序选择。有Ion AmpliSeq DNA自定义Panel在手，只需要10ng DNA你就可以简单快速地靶向任何基因组区域。那么，你还在等什么呢?