赛默飞发布Ion Torrent技术更新和新产品预览

　　2015年3月XX日，上海——科学服务领域的世界领导者赛默飞世尔科技(以下简称：赛默飞)于上周在佛洛里达州马可岛举办的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上发布了Ion Torrent测序技术的最新进展情况，充分展示赛默飞在研发新一代测序业务上的努力和成果，从而进一步表明其致力于将新技术应用于临床研究的决心。

　　在此次会议上，Ion Torrent 研发副总裁Allan Williams提前预告公司正在筹备Ion PGM和Ion Proton平台的新产品和新应用，其中包括Proton PII芯片、PI芯片改进情况、Ion Proton的Hi-Q测序试剂、HLA测序等温扩增、AmpliSeq文库的直接制备(从血液样本)，以及 Ion测序技术与Cynvenio的LiquidBiopsy平台结合进行的肿瘤分析。

　　Williams 表示：“自去年收购 Life Technologies之后，赛默飞一直关注测序技术的研究和发展，并在该项目上投资了充足的资金和人才。未来，赛默飞将继续加大在Ion Torrent上的投入。尤其针对靶向重测序和定量应用，我们将力争全面改善测序通量、准确性和读长”。

　　PII芯片，2015重磅之作

　　在去年的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上，公司宣布计划在2014年将PII芯片投入早期试用并实现商业化。该芯片有望提高Ion Proton平台的测序通量。然而，缩小微孔意味着信号变弱，而大量数据从芯片上快速传出则意味着公司不得不重新设计该款芯片。

　　Williams表示，Ion Torrent研发团队在改良PII芯片上已经花费了约一个月的时间，并且计划在今年上半年投入早期试用，下半年全面进入市场。

　　据公司调查显示，研发人员使用插入片段长度为125bp的人片段文库上样，单次PII 芯片运行能得到40G数据，约350M读段，读长集中在115bp。商业化芯片的数据产量很可能为30G，200-300M读段，读长100bp。

　　公司已针对PII芯片的应用进行了测试，其中一个测试是使用Ion AmpliSeq 人转录组基因表达试剂盒进行定向转录组测序。该试剂盒可靶向检测约 20000个来自于不同样本(包括福尔马林固定组织)的转录本。Williams表示，PI和PII芯片所得数据与传统RNA-seq所得数据显示出良好的相关性。

　　Ion Torrent高级产品营销总监Andy Felton表示，PII芯片得到的读段质量目前足以满足计数应用需要，但在外显子测序应用方面仍稍显不足。Williams 指出，PII芯片真正的优势并不在于数据质量的提高，而在于数据产量达到了PI芯片的5倍。

　　PII芯片一次运行花费不到1000美元，并且单次运行可多重分析24组AmpliSeq转录组样本或6组RNA-seq样本。

　　除此以外，公司还针对PII芯片的另一计数应用——母体血液中的游离DNA分析进行了测试。该反应使用插入片段长度为120bp的文库，并对21组样品进行多重分析，可鉴定出染色体非整倍体。

　　Williams表示，“PII芯片在读长和准确性上仍有进一步提升的空间”。

　　PI芯片升级完成

　　基于增加读长和数据准确性的需要，该公司对PI芯片进行了升级。芯片微孔结构(包括芯片表面化学试剂)的改变，使得PI芯片单次运行数据量将达到30G，60-80M读段，读长为400bp，准确率达到99%。

　　Ion Torrent 研发人员使用3张新的PI芯片完成了覆盖30X人类基因组的测序。Williams提到，公司计划在下半年为早期试用者提供试用版PI芯片，这为 Ion Torrent平台应用于全基因组测序(和更长读长的靶向panel的多重分析)创造了有利条件。

　　用于Proton 的Hi-Q测序试剂

　　在反应试剂方面，Ion Torrent最近推出了Hi-Q测序试剂，可提高Proton PI芯片测序数据的准确性。起初，该试剂盒主要是为了配合 Ion OneTouch 2模板制备系统使用，但公司计划在接下来的几周内推动PI芯片的Hi-Q试剂，使其同时适用于Ion Chef系统。Hi-Q 试剂盒在去年便可用于PGM平台。

　　Williams指出，对于Proton平台，Hi-Q试剂盒可使SNP和插入缺失突变的假阳性率降低75%(从35个/M降到8个/M)。PGM平台也得到了相似数据，Hi-Q使假阳性的插入缺失突变从4个/M降到1个/M。

　　应用于快速HLA分型的等温扩增

　　凭借更快的速度和更长的读段，等温扩增成为了目前乳液PCR的替代方法。目前该技术已允许早期试用者在PGM上手动操作。公司计划推动等温扩增支持Ion Chef系统，从而实现高达600bp的读长。

　　Williams指出，在现有模板扩增技术的支持下，Ion Chef单次运行一般需要10小时，而使用等温扩增技术则可将时间缩短至5小时。

　　Ion Torrent已与赛默飞旗下的另一家公司——即致力于HLA分型的One Lambda公司——合作测试一种运用等温扩增技术以达到测序时间短、读长长(500-600bp)目的的HLA测序试剂盒。

　　去年12月，One Lambda推出了仅作研究用途的NXType试剂盒。NXType适用于PGM平台，能在3天之内完成全部HLA I型和HLA II型基因测序。

　　Felton表示，由于等温扩增速度较快，今后还可能应用于胚胎植入前遗传学筛查。

　　AmpliSeq自动化及其应用

　　Ion Torrent 目前还正在寻求可以在Ion Chef系统上实现AmpliSeq文库的自动制备。尽管自动制备文库的运行时间比手动实验方案长几小时，但手动建立实验的操作仅需几分钟。整个流程，包括测序在内，一共需要24个小时，而用户自己制备文库则需要21个小时。AmpliSeq已经开始提供早期试用，并计划在今年下半年实现商业化。

　　另一项研发内容是由血样和口腔样本直接制备AmpliSeq文库，省去DNA提取步骤。Felton表示，公司已对此进行了理论验证，但还未确定商业化的时间期限。

　　针对现有的AmpliSeq试剂盒，公司大大降低了DNA起始需求量。现有的实验方案要求DNA的量为10ng，但公司研发人员展示了改良后的实验方案：当DNA起始量低至0.1ng(相当于20个细胞含有的DNA量)时，仍然能得到不错的结果。

　　Ion Torrent 已结合Cynvenios的LiquidBiopsy平台对AmpliSeq Cancer Hotspot panel进行了检测——赛默飞最近已成为LiquidBiopsy平台的经销商。LiquidBiopsy仪器可分离血液中的循环肿瘤细胞、游离DNA 和细胞DNA。

　　在改良试剂的同时，Ion Torrent还研发了能检测低至1%的低频率突变的新算法——Ion Reporter软件4.4版本已整合该算法。

　　关于赛默飞世尔科技

　　赛默飞世尔科技(纽约证交所代码：TMO)是科学服务领域的世界领导者。公司年销售额170亿美元，在50个国家拥有约50,000名员工。我们的使命是帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。我们的产品和服务帮助客户加速生命科学领域的研究、解决在分析领域所遇到的复杂问题与挑战，促进医疗诊断发展、提高实验室生产力。借助于首要品牌Thermo Scientific、Applied Biosystems、Invitrogen、Fisher Scientific和Unity Lab Services，我们将创新技术、便捷采购方案和实验室运营管理的整体解决方案相结合，为客户、股东和员工创造价值。欲了解更多信息，请浏览公司网站：www.thermofisher.com

　　赛默飞世尔科技中国

　　赛默飞世尔科技进入中国发展已有 30多年，在中国的总部设于上海，并在北京、广州、香港、台湾、成都、沈阳、西安、南京、武汉等地设立了分公司，员工人数超过3800名。我们的产品主要包括分析仪器、实验室设备、试剂、耗材和软件等，提供实验室综合解决方案，为各行各业的客户服务。为了满足中国市场的需求，现有8家工厂分别在上海、北京和苏州运营。我们在全国共设立了6个应用开发中心，将世界级的前沿技术和产品带给国内客户，并提供应用开发与培训等多项服务;位于上海的中国创新中心结合国内市场的需求和国外先进技术，研发适合中国的技术和产品;我们拥有遍布全国的维修服务网点和特别成立的中国技术培训团队，在全国有超过2000名专业人员直接为客户提供服务。我们致力于帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。欲了解更多信息，请登录网站www.thermofisher.cn