MeDIP

产品简介       

甲基化DNA 免疫共沉淀测序（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，MeDIP测序）先用5'-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断，然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组，所需测序数据量较少，可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。然而，该方法不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。

  应用领域：

  •  样本间DNA甲基化修饰差异分析

  •  大样本量疾病研究

  技术路线：

内容分析      

   1.标准信息分析

  1）测序完成后，去污染，去接头及去除低质量数据；

  2）MeDIP-Seq序列与参考序列的比对；

  3）MeDIP-Seq数据的全基因组分布趋势：

  a）MeDIP-Seq测序reads在全基因组每条染色体上的分布；

  b）MeDIP-Seq测序reads在全基因组上的覆盖深度；

  c）MeDIP-Seq测序reads在不同CpG密度区域中的分布；

  d）MeDIP-Seq测序reads在不同基因功能元件上的分布；

  e）MeDIP-Seq测序reads在基因元件及其上下2000bp的平均覆盖深度分布趋势。

  4）统计MeDIP-Seq数据富集区域（Peak）的信息：

  a）Peak扫描；

  b）Peak长度数量及比例分布统计；

  c）单个样品Peak 的不同CpG密度分布统计；

  d）寻找Peak相关基因；

  e）统计Peak在不同基因功能元件上的分布。

  5）基于Peak的多样品间差异性分析；

  6）对两个样品间的差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析。

  2.高级信息分析

  1）甲基化水平与转录水平关联分析；

  2）CpG岛在TSS附近的分布。

  样品要求：

  1.样品类型：无降解，无污染的DNA样品；

  2.样品需求量：≥5μg；

  3.样品浓度：≥50 ng/μl；

  4.样品纯度：OD260/280=1.8~2.0。

案例分析 

MeDIP和Bisulfite研究果蝇基因组的甲基化模式

  本研究通过结合MeDIP和Bisulfite处理的方法进行测序，研究果蝇胚胎的甲基化模式。发现果蝇的甲基化模式是高度区域化和链特异的，基因本体的甲基化程度和较低的基因表达水平相关。

  果蝇基因组范围的甲基化分布

  参考文献：

  1. Genome methylation in D. melanogaster is found at specific short motifs and is independent of DNMT2 activity (Genome Research, 2014, IF = 14.63)

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途