产品简介       

RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，作为一种关注CpG-rich区域的甲基化研究方法，它通过酶切消化后筛选一定的片段，再辅以Bisulfite sequencing，既能实现单碱基的分辨率，又能避免过多的数据浪费，更有针对性的研究覆盖区域的甲基化状态，使得大样本量单碱基分辨率的甲基化差异研究成为可能。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

  应用领域：

  •  大样本单碱基分辨率甲基化差异分析

  •  疾病分子标记开发

  技术路线：

内容分析      

     1.标准信息分析

  1）去接头污染，去低质量的reads和数据产量统计；

  2）RRBS序列与参考序列的比对；

  3）Promoter和CpG岛（CGI）覆盖度分析：

  a）Promoter和CGI覆盖个数统计；

  b）Promoter和CGI区域覆盖分析；

  c）C碱基有效测序深度的累积分布；

  d）CG位点的覆盖度。

  4）Promoter和CGI区的甲基化分析：

  a）甲基化C碱基中CG、CHG、CHH的分布比例；

  b）甲基化C和所有C的平均甲基化水平；

  c）Promoter和CGI区域甲基化图谱。

  5）差异性甲基化区域分析：

  a）差异甲基化（DMRs）分析；

  b）DMRs聚类分析；

  c）GO功能分析；

  d）KEGG通路分析。

  6）甲基化水平与功能元件长度关系。

  2.高级信息分析

  甲基化水平与转录水平关联分析：

  a）差异表达基因的Promoter区域的甲基化水平分布；

  b）甲基化修饰与表达调控关系。

  样品要求：

  1.样品类型：无降解且无RNA污染的DNA样品；

  2.样品需求量：≥5 μg；单次最低建库起始量可降至200 ng；

  3.样品浓度：≥50 ng/μl；

  4.适用物种：人和鼠；

  5.样品纯度：OD260/280=1.8~2.0。

案例分析 

RRBS+WGBS揭示人早期胚胎的DNA甲基化图谱

  本研究利用RRBS技术和WGBS技术，对微量细胞，甚至单个细胞DNA甲基化组进行高通量测序，解析了人类早期胚胎的DNA甲基化调控网络，这是世界上首个人类早期胚胎DNA甲基化图谱。

  人类早期胚胎DNA甲基化变化模式

  参考文献：

  1. The DNA methylation landscape of human early embryos (Nature, 2014, IF = Nature)

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途