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真核转录组测序

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参考报价: 面议 型号: 真核转录组测序
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 3 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无

产品简介   

     主要针对转录产物mRNA进行高通量测序,可快速获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的基因表达量及结构变异等,可用于差异表达分析、挖掘功能基因、RNA编辑分析等。目前已广泛应用于生物学研究、农业、医学等多个领域,揭示生物生长发育调控机制、不同环境适应机制、作物优良形成机理、疾病发生发展的分子机理等。


  应用领域:

  样本全转录本信息获取

  基因注释及筛选

  基因结构分析


  产品优势:

  准确的数字化信号,专业的检测通量,广泛的检测范围

  富涵7大功能注释数据库,准确描述基因功能

  建立差异表达分析,有效挖掘功能基因

  专业的定制化信息分析服务


  技术路线:

内容分析      

     1.测序数据及其质量控制

  2.转录组测序数据组装

  3.转录组文库质量评估

  4. Unigene功能注释

  5.基因结构分析:CDS预测、SSR分析、SNP分析

  6.基因表达量分析:Unigene表达量计算、不同样品总体表达量比对

  7.差异表达分析: 重复相关性评估、差异表达基因筛选、差异表达基因聚类分析

  8.差异表达基因功能注释和富集分析:差异表达基因GO功能富集、差异表达基因COG分类、差异表达基因KEGG注释、差异表达基因KEGG通路富集分析


  研究路线:



  

  样品要求:

  1.样品类型:总RNA;

  2.样品浓度:≥250 ng/ul;

  3.样品总量:>6ug(真核生物);>10ug(原核生物)

  4.样品纯度: OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260nm处有正常峰值。

  5.RNA完整性: 电泳检测28S/18S≥1.5。(距送样日最近的电泳结果)


案例分析

1、转录组测序研究温带和热带莲藕的生长调控机制

  本研究以温带(ZO)和热带(RL)莲花两个品种为研究对象,选取3个发育时期:115d(T1)、154d(T2)和207d(T3)的莲花根状茎进行转录组测序。通过比较ZO和RL的三个发育阶段,共发现10299个差异基因,经分析主要包括光周期、淀粉合成相关酶、激素信号转导相关的基因等,并利用RT-PCR技术筛选候选基因进行功能验证。本研究为莲藕生长发育调控机制提供了理论依据。

  差异基因聚类分析

  2、转录组分析卵巢癌细胞抗药相关的转录因子

  本研究选取15位耐药性和11位药物敏感性卵巢癌患者为研究对象,对其基因表达谱进行比较研究,分析卵巢癌患者耐药性相关的转录因子(TFs)。分析发现YEATS4和TFEB1调控下游靶基因的表达,且这2个TFs都与肿瘤发生或转移相关,是药物抗性的关键TFs。本研究是一篇关于卵巢癌抗药性相关TFs的报道,对于研究药物治疗卵巢癌具有指导意义和医疗价值。

卵巢癌中与耐药性相关基因的转录网络

  参考文献:

  1. Transcriptomic analysis of the regulation of rhizome formation in temperate and tropical lotus (Nelumbo nucifera) (Scientific Reports, 2015, IF=5.578)

  2. Transcriptome analysis indicates TFEB1 and YEATS4 as regulatory transcription factors for drug resistance of ovarian cancer. (Oncotarget, 2015, IF= 6.359)

注:该仪器未取得中华人民共和国医疗器械注册证,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

真核转录组测序 - 产品新闻

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