原核转录组测序

产品简介       

      原核转录组测序是基于HiSeq平台，构建链特异性文库，研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构，需要采用去除rRNA的方法构建文库，针对不同的研究物种采取有效的方法去除rRNA，保证数据质量。

  产品优势：

  准确的数字化信号，有效的检测通量，广泛的检测范围

  富涵7大功能注释数据库，多方位描述基因功能

  建立差异表达分析，有效挖掘功能基因

  专业的定制化信息分析服务

  技术路线：

内容分析      

     参考基因组比对；

  新转录本预测；

  测序质量评估；

  UTR分析 基因表达水平分析；

  反义转录本预测；

  差异基因表达水平分析（2个以上样本）

  sRNA分析（链特异性转录组）；

  差异基因GO/KEGG富集分析；

  SNP和InDel分析；

  差异基因蛋白互作网络分析；

  RNA-seq整体质量评估；

  可视化结果展示 （利用ipath2.0对代谢途径进行可视化分析。）

  样品要求：

  1.样品类型：总RNA；

  2.样品浓度：≥250 ng/ul；

  3.样品总量：>10ug（原核生物）

  4.样品纯度： OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260nm处有正常峰值。

  5.RNA完整性： 电泳检测28S/18S≥1.5。（距送样日最近的电泳结果）

案例分析 

基于副溶血弧菌基因的表达比较分析感染期间其调控网络及对环境的应答机制

  副溶血弧菌是海产品引起胃肠炎的主要原因，但关于其肠内基因表达或生理学知之甚少。目前为止，体内分析集中于毒力因子的鉴定和表征。本文用RNA-Seq分析幼兔感染模拟人类感染的副溶血性弧菌的基因表达。从兔子肠分离和从实验室得到的副溶血弧菌的比较转录组分析，鉴定了感染期间诱导的mRNA和sRNA以及可能控制它们的调节因子。超过12％的注释的副溶血弧菌基因在肠中差异表达，包括T3SS2的基因，可能由胆汁介导的转录因子VtrB的激活诱导。

副溶血弧菌基因表达的比较

  参考文献：

  1. Comparative RNA-Seq based dissection of the regulatory networks and environmental stimuli underlying Vibrio parahaemolyticus gene expression during infection (Nucleic Acids Research, 2014, IF=9.112)

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途