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全长转录组测序

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参考报价: 面议 型号: 全长转录组测序
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 3 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无

产品简介       

全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究,无需片段打断,直接读取反转录的全长cDNA,能够有效获取高质量的单个RNA分子的全部序列。无需进行转录本的组装,即可准确辨别二代测序无法识别的完整的、准确的可变剪接、转录起始位点,能够有效的获取高质量的单个mRNA分子的序列信息。


  产品优势:

  无需组装,直接测序获得全长mRNA和lncRNA转录本;

  可准确识别可变剪接形式,检测新基因和新的基因亚型;

  无参考基因组情况下,解析物种特有基因或基因家族;

  提高无参转录组研究的定量准确性。


  测序实验流程图:


  技术路线:

内容分析      

      分析内容:

  测序Reads质量质控(QV);

  测序Reads聚类;

  转录本全长评估;

  基因结构优化;

  新转录本的预测;

  转录本功能注释;

  基因融合分析;

  可变剪接鉴定;

  等位基因分析(基于同一样本的二代数据);

  非编码RNA及其靶基因预测;

  SSR分析;

  SNP分析(基于同一样本的二代数据);

  CDS预测;


  样品要求:

  1.  样品类型:总RNA;

  2.  样品浓度:≥300 ng/ul;

  3.  样品总量:≥1ug;

  4.  样品纯度:OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260nm处有正常峰值;无基因组DNA污染;

  5.  RNA完整性:电泳检测28S/18S≥1.5。(据送样日最近的电泳结果)

案例分析

1、单分子全长测序揭示玉米转录组的复杂性

  玉米(Zea mays)是全球重要的农作物,也是研究转录组代谢通路的重要遗传模型。本文用PacBio长读长测序技术,得到六个组织(根、花粉、胚芽、胚乳、幼雌穗、幼雄穗)共111151个转录本,覆盖玉米RefGen_v3基因组已注释基因的70%。57%的转录本是新发现的,有些是组织特异性的或者已知基因的Isoform。此外,还发现大量的新lncRNAs和融合基因转录本。DNA甲基化也产生各种Isoform。结果显示,玉米B73转录组的数据还远远没有完成,玉米基因组的表达也比以往预期的更复杂。



全长转录组测序PacBio与RefGen_v3中Isoform的比较


  2、利用三代测序long-read生成个人转录组

  本研究利用Pacific Biosciences系统,对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行了测序,并将获得的reads与Illumina平台上获得的较短reads进行比较。通过这些转录组,开发出一名家庭成员的等位基因特异的全长转录组,能够区分两个等位基因。


单一基因的定相


  参考文献:

  1.Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing.(Nature communication,2016,IF=11.329)

  2.Defining a personal, allele-specific, and single-molecule long-read transcriptome.(PNAS,2014,IF=9.423)

注:该仪器未取得中华人民共和国医疗器械注册证,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

全长转录组测序 - 产品新闻

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