全长转录组测序

产品简介       

全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需片段打断，直接读取反转录的全长cDNA，能够有效获取高质量的单个RNA分子的全部序列。无需进行转录本的组装，即可准确辨别二代测序无法识别的完整的、准确的可变剪接、转录起始位点，能够有效的获取高质量的单个mRNA分子的序列信息。

  产品优势：

  无需组装，直接测序获得全长mRNA和lncRNA转录本；

  可准确识别可变剪接形式，检测新基因和新的基因亚型；

  无参考基因组情况下，解析物种特有基因或基因家族；

  提高无参转录组研究的定量准确性。

  测序实验流程图：

  技术路线：

内容分析      

      分析内容：

  测序Reads质量质控（QV）;

  测序Reads聚类;

  转录本全长评估;

  基因结构优化;

  新转录本的预测;

  转录本功能注释;

  基因融合分析;

  可变剪接鉴定;

  等位基因分析（基于同一样本的二代数据）;

  非编码RNA及其靶基因预测;

  SSR分析;

  SNP分析（基于同一样本的二代数据）;

  CDS预测;

  样品要求：

  1.  样品类型：总RNA；

  2.  样品浓度：≥300 ng/ul；

  3.  样品总量：≥1ug；

  4.  样品纯度：OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260nm处有正常峰值；无基因组DNA污染；

  5.  RNA完整性：电泳检测28S/18S≥1.5。（据送样日最近的电泳结果）

案例分析 

1、单分子全长测序揭示玉米转录组的复杂性

  玉米（Zea mays）是全球重要的农作物，也是研究转录组代谢通路的重要遗传模型。本文用PacBio长读长测序技术，得到六个组织（根、花粉、胚芽、胚乳、幼雌穗、幼雄穗）共111151个转录本，覆盖玉米RefGen_v3基因组已注释基因的70%。57%的转录本是新发现的，有些是组织特异性的或者已知基因的Isoform。此外，还发现大量的新lncRNAs和融合基因转录本。DNA甲基化也产生各种Isoform。结果显示，玉米B73转录组的数据还远远没有完成，玉米基因组的表达也比以往预期的更复杂。

全长转录组测序PacBio与RefGen_v3中Isoform的比较

  2、利用三代测序long-read生成个人转录组

  本研究利用Pacific Biosciences系统，对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行了测序，并将获得的reads与Illumina平台上获得的较短reads进行比较。通过这些转录组，开发出一名家庭成员的等位基因特异的全长转录组，能够区分两个等位基因。

单一基因的定相

  参考文献：

  1.Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing.(Nature communication，2016，IF=11.329)

  2.Defining a personal, allele-specific, and single-molecule long-read transcriptome.(PNAS，2014，IF=9.423)

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途